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安装clusterProfiler报错

安装clusterProfiler报错

作者: 生信菜菜鸟 | 来源:发表于2021-09-17 14:11 被阅读0次

    最近在安装R包clusterProfiler

    BiocManager::install("clusterProfiler")
    

    但总是报错:

    Error: object ‘get_fun_from_pkg’ is not exported by 'namespace:rvcheck'
    Execution halted
    ERROR: lazy loading failed for package ‘clusterProfiler’

    Google上搜索get_fun_from_pkg,如下:


    get_fun_from_pkg

    显示的版本是0.1.8。所以我在想是不是因为rvcheck的版本问题,导致找不到get_fun_from_pkg。所以我看了一下已经安装的rvcheck版本:

    packageVersion("rvcheck")
    [1] ‘0.2.0’
    

    版本太新了?新的版本里没有get_fun_from_pkg?于是我把rvcheck版本降到0.1.8,就成功安装clusterProfiler了!

    关于如何把rvcheck版本降到0.1.8,我的方法是:

    remove.packages("rvcheck")    ## 先卸载这个包
    

    然后下载0.1.8版本的rvcheck:

    wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/rvcheck/rvcheck_0.1.8.tar.gz
    Your_R_path/R CMD INSTALL rvcheck_0.1.8.tar.gz

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