和平年代，全球军方秘密宣布现在进入了战争时期。科学家们在实验中发现一直以来支撑世界科学的基础物理可能并不存在，很多物理学家精神崩溃在短期内先后自杀。 被卷进这个事件的汪淼教授也经历了“幽灵倒计时”的超自然现象，并接触到一个叫《三体》的游戏。汪淼经人介绍，找到一个叫叶文洁的老天文学教授请教，慢慢得知了她悲惨的童年，和一个叫红岸的工程。原来这个是个想和外星人建立联系的国家秘密工程，但逐渐被认定不可能实现，所以慢慢废弃了。
汪淼和叶文洁会面后，觉得最近发生的一切有着必然的联系，于是再次登录《三体》游戏，决定找出藏在游戏里的秘密。他发现这个游戏可以根据每个玩家设置单独的进程，即使更换了ID登录，里面的虚拟人物也能认出他，并知道曾经发生的事情。这次他的昵称是哥白尼，游戏就带他来到了欧洲中世纪。在游戏里，汪淼向教皇阐述了他对三体世界的看法。他认为三体世界有三个太阳，在互相引力的作用下，做着无法预测的三体运动，当行星只围绕一颗太阳做稳定运动时，就是恒纪元，此时如果受另外的太阳干扰，行星会在三个太阳之间游移不定，这就是乱纪元。
汪淼的理论遭到教皇的嘲笑，就在教皇要把他烧死的时候，出现了三日凌空，这个文明毁灭了。此时系统提示，哥白尼成功揭示了宇宙的基本结构，三体文明产生第一次飞跃，游戏进入第二级。
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