美文网首页RNA-seq学习
转录组不求人系列(十二): Cell文章最喜欢用的差异基因GO、

转录组不求人系列(十二): Cell文章最喜欢用的差异基因GO、

作者: KS科研分享与服务 | 来源:发表于2022-01-04 14:35 被阅读0次

    对于转录组分析,差异基因筛选完成后,就算是成功一大半了。接下来就可进行下游分析了。首先最常见的就是对上下调基因的富集分析了,富集分析我们之前出过一期R语言版本的:

    clusterProfiler:基因功能富集分析的惊喜之作

    这里就不再赘述了,我们介绍一款NCS文章比较喜欢的、出现率较高的功能富集工具---Metascape (https://metascape.org/gp/index.html)。

    图片

    Metascape是一款免费的在线工具,使用简便易操作。更重要的是其包含多个数据库,结果可靠,可视化结果也不错,可以直接用于发表文章,很多文章中直接用的metascape导出的图。

    图片

    一、基本分析

    接下来,具体看看如何操作。step1:直接粘贴基因名称。step2:选择物种。step3:点击Express Analysis(包含所有结果)。就可以坐等结果了。

    图片

    分析结束后点击analysis report就可以查看结果了。包含富集结果柱状图,这个结果已经是去除冗余信息的:

    图片

    Pathway and Process Enrichment Analysis:

    图片

    还有基因互作、转录因子、疾病数据库富集等等。最终结果点击页面最上方下载所有的结果,由excel 表,也有图形等等。

    图片

    二、选择性分析

    如果在分析之初,不想选择所有的数据库,只需某种分析例如GO、KEGG,则在首页上传完基因后,选择custom analysis。然后可以自己选择相应的数据库,设置阈值等德国,再点击enrichment analysis,等待结果。

    图片

    三、多组分析

    前面说的都是一组的富集分析,如果由多组,metascape也可以实现,上传基因是做好分组,选择mutiple gene list,然后上传文件。然后后续的分析和之前一样。

    Heatmap显示富集结果:

    图片

    Protein-protein Interaction Enrichment Analysis:

    图片

    总之,metascape的使用还是很方便的,我们从它主页也能看出,有很多文章做功能富集分析都选择使用这个工具,所以放心使用吧!

    虽然metascape的可视化结果已经很好了,但是下一节,我们还是说说如何进行个性化的富集结果展示,让自己的结果展示更加高大上!

    往期精彩****:

    1、热图5:ggplot2画热图及个性化修饰

    2、复现《nature communications》图表(二):一劳永逸,R语言一键画表达量箱线图并添加显著性

    3、转录组不求人系列(三):PCA分析及CNS级别作图

    4、转录组不求人系列(十): NCS级别的火山图,总有一款适合你!

    5、转录组不求人系列(十一): R语言绘制不一样的韦恩图

    相关文章

      网友评论

        本文标题:转录组不求人系列(十二): Cell文章最喜欢用的差异基因GO、

        本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/vkbqcrtx.html