2018-11-06 GEO数据下载

R包二进制文件存储位置更改：https://blog.csdn.net/sinat_35187039/article/details/80239668

R包安装的两种方法：

① install.packages("包名")

②BiocInstaller::biocLite("包名")

引用R包

library("包名")

GEO分析需要三个文件：

I. 表达矩阵matrix文件

II. 注释文件，探针编号对应的基因名。一般储存于GLP平台页面

III. 样本类型，case/control

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I.表达矩阵matrix文件

 1. 打开GEO主页 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ 

    输入GSE42589

GEO主页

2. 进入GSE42589详情页后，选择Series Matrix File(s)

GSE42589详情页

3. 弹出matrix文件的ftp下载页面

ftp下matrix文件

II. 注释文件

1. 回到GSE42589详情页后，选择平台GPL6244

GSE42589详情页

2.进入GPL6244详情页后，选择Annotation SOFT table...

GPL6244详情页

3. 下载得到文件GPL6244.annot.gz

GPL6244.annot.gz

III. 样本类型

1. 回到GSE42589详情页，选择samples