fastq-dump unrecognized option:

作者: 尹小奥 | 来源:发表于2021-02-20 10:44 被阅读0次

从NCBI下载的sra数据需要解压成fastq文件才能继续后面的分析，我一直用fastq-dump软件。但是最近解压双端数据出现了报错：unrecognized option: '--split-3'。

解压单端数据：

fastq-dump Col.sra

解压双端数据：

fastq-dump --split-3 Col.sra

代码很简单应该没错啊，找了很久的原因，最后发现是我装的默认版本fastq-dump v2.10.0有问题，再安装一个老版本fastq-dump v2.9.0就好了。

/software/sratoolkit.2.9.0-ubuntu64/bin/fastq-dump --split-3 Col.sra

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