初，武后诛唐宗室，有才德者先死，惟吴王恪之子郁林侯千里褊躁无才，又数献符瑞，故独得免。上即位，立为成王，拜左金吾大将军。武后所诛唐诸王、妃、主、驸马等，皆无人葬埋，子孙或流窜岭表，或拘囚历年，或逃匿民间，为人佣保。至是，制州县求访其柩，以礼改葬，追复官爵，召其子孙，使之承袭，无子孙者为择后置之。既而宗室子孙相继而至，皆召见，涕泣舞蹈，各以亲疏袭爵拜官有差。
唐中宗神龙元年（乙巳，公元705年）春季正月，壬午朔（初一），武则天下诏赦免天下罪犯，改年号。规定自文明元年以来犯罪的人，如果不是扬州、豫州、博州三州谋反案以及各种叛乱的罪魁祸首，都可以赦免他们的罪过。
武则天病得非常严重，麟台监张易之和春官侍郎张昌宗居宫中执政，张柬之、崔玄暐与中台右丞敬晖、司刑少卿桓彦范以及相王府司马袁恕己谋划杀掉张易之和张昌宗。张柬之问右羽林卫大将军李多祚说：“将军今日的荣华富贵，是谁给的？”李多祚流着眼泪回答说：“是高宗皇帝给的。”张柬之说：：“现在皇帝的儿子受到张易之和张昌宗这两个小子的威胁，难道将军不想报答皇帝的恩德吗！”李多祚回答说：“只要对国家有利，我一切都听相公安排，不敢顾及自身以及妻儿的安危。”于是自己指天发誓，并且与张柬之、崔玄暐等人一同定下铲除张易之和张昌宗的计谋。
当初，张柬之接替荆州都督府长史乡人杨元琰的职务，二人一同泛舟于长江之中，当小船漂到江心时，谈到武则天以周代唐的事，杨元琰慷慨激昂，有救助大唐的志向。张柬之入朝作宰相后，便推荐杨元琰担任右羽林将军，并且提醒他说：“您大概还记得我们当初在江心泛舟时所说的话吧？今天这项任命可不是随便给您的呀。”张柬之还任用桓彦范、敬晖以及右散骑侍郎李湛，都让他们担任左、右羽林将军，把禁军交给他们指挥。这件事引起张易之等人的怀疑和忧虑，张柬之于是又任用他的党羽武攸宜为右羽林大将军，张易之等人才放心。
不久，姚元之从灵武回朝，张柬之和桓彦范交谈说：“大事就要成功了！”于是把商量好的计谋告诉姚元之。桓彦范将这事禀告他的母亲，母亲勉励他说：“忠孝不能两全，应当先为国家大事着想，然后再考虑自家的小事。”当时太子李显都从北门入宫向天子问安，桓彦范和敬晖前往拜见，秘密地把他们的计策告诉太子，太子允许他们这样去做。
癸卯（二十二日），张柬之、崔玄暐、桓彦范与左威卫将军薛思行等人率领左右羽林兵五百余人来到玄武门，派李多祚、李湛及内直郎、驸马都尉安阳人王同皎到东宫去迎接太子李显。太子有所怀疑，没有出来，王同皎说：“先帝把皇位传给殿下，殿下无故遭到幽禁废黜，皇天后土、士民百姓无不义愤填膺，已经有二十三年。现在上天诱导人心。北门的羽林诸将与南牙朝臣得以同心协力，立志诛灭凶恶的小人，恢复李氏的江山社稷，希望殿下暂时到玄武门去以满足大家的期望。”太子回答说：“凶恶的小人的确应该翦除，但是天子圣体欠安，你们这样做能不使天子受惊吗！请诸位日后再图此事。”李谌说：“诸位将帅宰相为了国家不顾身家性命，殿下为什么非要让他们面临鼎镬的酷刑呢！请殿下亲自去制止他们好了。”太子这才出来。
王同皎将太子抱到马上，并陪同太子来到玄武门，斩断门栓进入宫中。此时武则天在迎仙宫，张柬之等人在迎仙宫的走廊里将张易之和张昌宗斩首，然后进至武则天居住的长生殿，在她周围环绕侍卫。武则天吃惊地坐起来，问道：“是谁作乱？”张柬之回答说：“张易之、张昌宗阴谋造反，臣等已奉太子的命令将他们杀掉，因为担心可能会走漏消息，所以没有向您禀告。在皇宫禁地举兵诛杀逆贼，惊动天子，臣等罪该万死！”武则天看见太子李显也在人群之中，便对他说：“这件事是你让干的吗？这两个小子已经被诛杀，你可以回到东宫里去了。”桓彦范上前说：“太子哪能还回到东宫里去呢？当初天皇把心爱的太子托付给陛下，现在他年纪已大，却一直在东宫当太子，天意民心，早已思念李家。群臣不敢忘怀太宗、天皇的恩德，所以尊奉太子诛灭犯上作乱的逆臣。希望陛下将帝位传给太子，以顺从上天与下民的心愿！”李湛是李义府的儿子，武则天发现了他，对他说：“你也是杀死张易之的将军吗？朕平时对你们父子不薄，想不到竟然有今天的变故！”李湛满面羞惭，无法回答。武则天又对崔玄暐说：“别的人都是经他人推荐之后提拔的，只有你是朕亲手提拔的，你怎么也在这里呢？”崔玄暐说：“臣这样做正是为报答陛下对臣的大恩大德。”
接下来逮捕张昌期、张同休、张昌仪等人，将他们全部处斩，并在神都天津桥的南边将上述人犯与张易之、张昌宗二人一道枭首示众。在这一天里，为防范突然事变的发生，袁恕己随从相王李旦统率南牙兵马，他们将韦承庆、房融及司礼卿崔神庆等逮捕下狱，这些人都是张易之的同党。先前，张昌仪新建起一幢非常豪华的宅第，规模比诸王及诸位公主的宅第还要宏大，有人晚上在他的门上写道：“一日的丝能织几日的薄纱？”张昌仪让人把字迹除掉，结果又被人写上，这种情况总共出现了六七次。张昌仪用笔在门上写道：“即使是只织一天，我也感到满足。”此后便没有再出现这种情况。
甲辰（二十三日），武则天颁下制书，决定由太子李显代行处理国政，大赦天下。任命袁恕己为凤阁侍郎、同平章事，派遣十位使者分别携带天子的玺书前往各州进行安抚工作。乙巳（二十四日），武则天将帝位传给太子李显。
丙午（二十五日），唐中宗李显即皇帝位。中宗下诏大赦天下，只有张易之的党羽们不在赦免之列；那些被周兴等人冤枉的人，都让进行清理和昭雪，他们的子女中如有被发配流放或者被没入官府作奴婢的，都予以赦免。唐中宗还加相王李旦封号为安国相王，并任命他为太尉、同凤阁鸾台三品；加太平公主封号为镇国太平公主。此外，皇族先前被发配或没入官府为奴的，他们的子孙都恢复皇族身分，并且根据具体情况封授官爵。
丁未（二十六日），武则天搬到上阳宫居住，李湛留下负责警卫。戊申（二十七日），唐中宗带领文武百官来到上阳宫，上武则天尊号为则天大圣皇帝。
庚戌（二十九日），唐中宗任宗张柬之为夏官尚书、同凤阁鸾台三品，崔玄暐为内史，袁恕己同凤阁鸾台三品，敬晖和桓彦范都被任命为纳言；上述有功之臣都赐爵为郡公。李多祚赐爵为辽东郡王；任命王同皎为右千牛将军，并赐爵为琅邪郡公；任命李湛为右羽林大将军，进爵赵国公。其他有功人员也给予不同的官爵和赏赐。
张柬之等人讨伐张易之的时候，殿中监田归道正好统领千骑兵守卫玄武门，敬晖派人去征调他手下的千骑兵，由于田归道事先并不知道有诛杀张易之等人的计划，所以拒绝将手下人马交给敬晖调遣。等到事情结束之后，敬晖想杀掉田归道，田归道据理力争，于是唐中宗只是免去他的殿中监职务，让他回到家中。唐中宗认为田归道忠勇可嘉，又将他召回，任命他为太仆少卿。
唐中宗神龙元年（乙巳，公元705年）二月，辛亥（初一），唐中宗带领文武百官到上阳宫向武则天请安，问候她的日常生活状况；从此唐中宗每十天前来问候一次。甲寅（初四），唐中宗下诏恢复大唐国号，并规定郊庙、社稷、陵寝、百官、旗帜、服色、文字等都恢复唐高宗永淳年间以前的旧制，神都又恢复东都旧名，北都恢复并州旧名，老君仍称为玄元皇帝。
乙卯（初五），唐中宗将凤阁侍郎、同平章事韦承庆贬为高要尉；将正谏大夫、同平章事房融除名并流放到高州；将司礼卿崔神庆流放到钦州。唐中宗又任命杨再思为户部尚书、同中书门下三品、西京留守。
在武则天被迁到上阳宫时，只有太仆卿、同中书门下三品姚元之一人痛哭流涕。桓彦范、张柬之对他说：“今天哪里是您悲哀哭泣的日子！恐怕从今以后您就要大祸临头了。”姚元之回答说：“元之侍奉则天皇帝的时间很长，现在突然要分手了，感到悲痛难忍。况且元之前几天追随诸公诛灭恶逆之徒，是尽作臣子的本分；今天辞别旧主，也同样是在尽作臣子的本分。即使因此而受到惩罚，我也心甘情愿。”在这一天，姚元之被任命为毫州刺史。
甲子（十四日），唐中宗将他的妃子韦氏立为皇后，大赦天下；又追赠韦后之父韦玄贞为上洛王，追赠韦后之母崔氏为上洛王妃。左拾遗贾虚己上疏认为：“异姓之人不得封为王，是从古至今的定制。现在中兴刚刚开始，黎民百姓无不钦慕向往，观看陛下如何治理这个国家。而陛下却首先追赠皇后的父亲为王，这不是用来在全国扩大陛下贤德的办法。况且高宗时期追赠皇后的父亲武士为太原王，这个教训离现在并不遥远，陛下必须从一点一滴进行预防。如果认为命令已经发布无法收回，陛下应该让皇后坚决推辞，这样更能增加皇后谦虚守礼的美德。”唐中宗没有采纳他的建议。
先前，韦后共生育邵王李重润以及长宁和安乐两公主，在唐中宗被放逐到房陵去的时候，安乐公主在路上出生，所以唐中宗特别喜欢她。中宗与韦后在房陵被幽禁期间，共同经历各种艰难困苦的生活，因而两个人的感情十分深厚。中宗每当听到武则天派使者前来的消息，就惊惶失措地想要自杀，韦后制止他说：“祸福并非一成不变，最多不过一死，您何必这么着急呢！”中宗曾经私下对韦后发誓：“如果日后我能重见天日，一定会让你随心所欲，不加任何限制。”所以在韦氏重新成为皇后以后，便像武则天在高宗朝那样干预起朝政。桓彦范上表，认为：“《周易》说：‘妇女没有什么错失，在家中主持家务，就是吉利。’，《尚书》说：‘如果母鸡司晨打鸣，这个家庭就要败落了’。臣发现陛下每次临朝，皇后总是坐在帷帐后面参预对军国大事的处理。臣观察历朝帝王，没有哪一个与妇人共同执政而不导致国破身亡的。再说阴凌驾于阳之上，是违背自然法则的；妇人欺凌丈夫，是违背人伦之道的。希望陛下观察古今治乱兴衰的经验教训，时刻想着社稷与百姓，敦促皇后严守皇后的本分，一心一意地致力于女子的教化，不要到外朝来干预国家政事。”
在此之前，胡僧慧范凭借虚妄的邪说结交权贵，与张易之、张昌宗兄弟等人相处得很好，韦后也很看重他。等到张易之被诛灭以后，韦后又称慧范也参预诛杀张易之等人的谋划，于是慧范因功被授为银青光禄大夫，并赐爵为上庸县公，使他得以出入皇宫，唐中宗也多次穿便衣到他所居住的地方。桓彦范又上表指控慧范用邪门歪道紊乱朝政，请求将他处死。唐中宗对这些建议都没有采纳。
当初，武则天在铲除李唐宗室的时候，最先杀掉的是那些有道德才能的人，只有吴王李恪的儿子郁林侯李千里，心地狭窄性情浮躁，没有才能，再加上一次又一次地向武则天进献祥瑞，因而得以幸免。唐中宗即位之后，封李千里为成王，任命他为左金吾大将军。武则天所诛杀的李唐诸王、王妃、公主、驸马等都无人加以埋葬，这些人的子孙有的被流放到岭南地区，有的已经在监狱中拘禁数年之久，有的躲藏在民间成为富人的雇工。到这时候，唐中宗颁下制书，命令各州县寻访这些死去的宗室贵族的灵柩，根据死者的身份依礼改葬；并且给这些死者恢复原任官爵；召回他们的子孙，让他们承袭父辈的爵位；对那些没有子孙的人，则替他们选择后嗣以续其香火。不久，散落各地的宗室子孙相继来到东都，唐中宗全都召见他们。大家流着泪向中宗行舞拜礼。中宗各根据血缘关系的亲疏远近赐给他们大小不等的官职、爵位。
张易之、张昌宗被诛灭后，洛州长史薛季昶对张柬之和敬晖说：“张易之、张昌宗这两个元凶虽然已被铲除，但吕产、吕禄这样人还在朝中任职，锄草时不铲掉草根，终究还会长出草来。”张柬之、敬晖回答说：“现在大局已定，你说的那些人不过是案板上的肉罢了，还能有什么作为！现在杀的人已经够多的了，不能再多杀了。”薛季昶叹口气说：“我不知道将死在哪里了。”朝邑尉武强人刘幽求也对桓彦范和敬晖说：“武三思还没有受到惩处，你们这些人终究会死无葬身之地；如果现在不及早作准备，等到大祸临头再后悔就来不及了。”桓彦范和敬晖也没有采纳他的建议。
唐中宗的女儿安乐公主嫁给武三思的儿子武崇训。上官婉儿是上官仪的孙女，上官仪被杀后，她被没入后宫。上官婉儿聪明伶俐，能言善辩，写得一手好文章，又熟悉官府事务。武则天十分喜欢她，自圣历年间以后，经常让她参予对各衙门所上表章奏疏的处理；唐中宗即位后，更加信任她，又让她专门负责草拟皇帝的命令，封她为婕妤，让她执掌宫中事务。上官婉儿与武三思私通，所以偏袒武氏，她又向韦后推荐武三思，将武三思领进宫中，唐中宗于是开始与武三思商议政事，张柬之等人从此都受到武三思的遏制。唐中宗让韦后与武三思一起玩一种叫作双陆的游戏，自己则坐在一旁为他们数筹码；武三思于是又开始与韦后私通，武氏的势力因此又强大起来。
张柬之等人屡次劝告唐中宗诛灭武氏集团，唐中宗都不听。张柬之等人说：“武则天改唐为周的时候，李唐宗室被诛杀殆尽；现在多亏天地神灵的庇佑，陛下又重登帝位，但武氏却像以往一样安稳地把持着他们所窃取的官爵职位，这种情形难道是朝野之士所希望看到的吗？希望陛下减少他们的俸禄，削夺他们的官爵，以告慰天下之人！”唐中宗仍然没有采纳他们的建议。张柬之等人有的拍着几案叹息，有的弹击手指以致出血，纷纷说：“皇上过去作英王时，在人们眼里是一个勇武刚烈的人，我们之所以没有诛灭武氏集团，是为让皇上能亲自诛杀他们以扩大天子的声威。现在皇上却反过头来重用武氏集团成员，大势已去，谁知以后又会怎么样呢！”
唐中宗屡次身着便服到武三思的家里去，监察御史清河人崔皎秘密上疏说：“陛下的权力刚刚恢复，则天皇帝还住在西边的上阳宫里，还有人想依附她；武周时期的旧臣，仍然在朝廷供职，陛下怎么能轻易地外出游幸，没看到白龙身着鱼服而被打鱼的豫且射中的灾祸吗！”唐中宗把密疏的内容泄露出去，武三思和他的党羽们对崔皎恨之入骨。
丙寅（十六日），唐中宗任命太子宾客武三思为司空、同中书门下三品。左散骑常侍谯王李重福，是唐中宗的庶子；他的妃子，是张易之的外甥女。韦后讨厌李重福，便在中宗面前诬陷他说：“李重润被迫自杀，是李重福在武则天面前诬陷所致。”唐中宗因此将李重福贬为濮州员外刺史，不久又改任他为均州刺史，并且常常命令州官对他严加防范。
丁卯（十七日），唐中宗任命右散骑常侍、安定王武攸暨为司徒、定王。辛未（二十一日），相王李旦坚决要求辞去太尉及宰相职务，唐中宗同意他的辞职请求；唐中宗又想立相王李旦为皇太弟，因相王坚决推辞而作罢。
甲戌（二十四日），唐中宗任命国子祭酒始平人祝钦明为同中书门下三品；任命黄门侍郎、知侍中事韦安石为刑部尚书，同时免去他的宰相职务。
丁丑（二十七日），武三思和武攸暨坚决推辞刚被任命的新职务和爵位，唐中宗同意他们的请求，并且加封他们为开府仪同三司。唐中宗立皇子义兴王李重俊为卫王，北海王李重茂为温王；仍然让李重俊担任洛州牧。
三月，甲申（初五），唐中宗颁下制书：“文明年间以来因获罪而破败的家族的子孙都可以恢复原来的地位与荫庇，只有徐敬业、裴炎不在赦免之列。”丁亥（初八），唐中宗颁下制书：“酷吏周兴、来俊臣等人，已经死去的要追夺官爵，现在还活着的都要流放到岭南的偏僻之地。”
己丑（初十），唐中宗任命袁恕己为中书令。唐中宗下令用可以坐乘的安车到嵩山征召安平王武攸绪，武攸绪一来到京师，就被任命为太子宾客；他坚决要求再回到嵩山，唐中宗答应他。
唐中宗颁下制书：“枭氏、蟒氏都恢复为原来的萧氏、王氏。”江湖术士郑普思和尚衣奉御叶静能都凭借虚妄的邪说得到唐中宗的信任和重用，夏季，四月，唐中宗没有通过外廷，亲笔书写敕书任命郑普思为秘书监，叶静能为国子祭酒。桓彦范和崔玄暐坚持认为不能这样做，唐中宗道：“朕已经任命他们，不能这样快就改变任命。”桓彦范说：“陛下在刚刚即位时，曾颁下制书说：‘国家的各项行政措施与法令都将完全依照贞观时期的定制’。贞观时期，担任秘书监职务的是魏徵、虞世南和颜师古，担任国子祭酒职务的是孔颖达，这些人的道德才能是现在的郑普思和叶静能所能比拟的吗？”庚戌（初一），左拾遗李邕上疏认为：“《诗经》三百篇，用一句话来概括，叫做‘思想纯正。’如果真有能让人长生不老的神仙，那么秦始皇和汉武帝早就找到了；如果佛祖真能为人谋利造福，那么梁武帝也早就如愿以偿。唐尧、虞舜之所以能够成为历代帝王的典范，也不过是由于他们努力修治世上各种的事情罢了。陛下对郑普思和叶静能这样的人尊宠有加，对于治理国家有什么用处！”唐中宗对上述建议都没有接受。
唐中宗即位那一天，用驿车从高要县召回魏元忠；丁卯（十八日），魏元忠抵达东都，唐中宗任命他为卫尉卿、同平章事。
甲戌（二十五日），唐中宗任命魏元忠为兵部尚书，韦安石为吏部尚书，李怀远为右散骑常侍，唐休璟为辅国大将军，崔玄暐为检校益府长史，杨再思为检校杨府长史，祝钦明为刑部尚书，上述人等都同时兼任同中书门下三品。魏元忠等人都是由于曾在中宗作太子时作过东宫僚属的缘故，而得到这样的褒奖。乙亥（二十六日），唐中宗任命张柬之为中书令。
戊寅（二十九日），唐中宗下诏追赠已经死去的邵王李重润为懿德太子。五月，壬午（初四），唐中宗将武周七庙的神主迁到西京崇尊庙，并颁下制书：“对于武太后及其父、祖的名讳，上奏言事的臣民都不得触犯。”
乙酉（初七），唐中宗在东都设立太庙及社稷。唐中宗把张柬之等人以及武攸暨、武三思、郑普思等十六人都当作为国家立下功劳的人，赐给他们铁券，并规定如果这些人所犯的不是谋反叛逆之罪，每个人都可以宽恕十次死罪。
癸巳（十五日），敬晖等人率领文武百官上表唐中宗，认为：“五德之运轮流兴起，没有两德同时盛大的事情。天授年间改朝换代之际，李唐宗室被诛杀流徙殆尽，哪里有与武氏同殿受封的权利！现在上天又重新眷顾李姓，但武氏仍然像以往那样受封为王，与李姓宗室一起居住在京师，开天辟地以来从未有过这样的道理。希望陛下为大唐江山着想，顺从朝野士民的心愿，削夺他们的王爵以安定人心。”唐中宗没有同意他们的建议。
敬晖等人害怕武三思的谗言陷害，便把考功员外郎崔湜当作自己的耳目，以便随时刺探武三思的消息。崔湜见中宗亲近武三思而猜忌敬晖等人，便把敬晖等人的全部打算告诉武三思，反而成为武三思效劳的人。武三思推荐崔湜作中书舍人。崔湜是崔仁师的孙子。
在这以前，殿中侍御史南皮县人郑愔巴结张易之和张昌宗，二张败死之后，被贬为宣州司士参军，又因犯贪赃罪的缘故，逃到东都，私下拜见武三思。郑愔刚见到武三思时，哭得很悲哀，一会儿又放声大笑。武三思向来位尊任重，对郑愔的悲喜无常感到非常奇怪。郑愔解释道：“我在刚刚见到时之所以痛哭失声，是在为梁王将被戮尸灭族而感到悲哀。悲哀之后又放声大笑，是在为梁王能得到郑的帮助从而得以免祸而感到高兴。梁王您虽然深得天子的欢心，但张柬之、敬晖、桓彦范、崔玄暐和袁恕己五人手中都掌握着将相大权，并且个个胆略过人，以至于废掉太后的帝位都易如反掌。梁王您自己考虑您与太后相比哪一个权势地位更重一些？那五个人对您恨之入骨，日夜都想吃下您的肉，如果不能把梁王灭族，他们是不会称心如意的。梁王您如果不尽快除掉这五个人，您的生命安全就会像早晨的露水一样没有保障，可是您却还是怡然自乐，自以为像泰山一样安然无羔，这就是我郑愔为梁王您感到痛心的原因。”武三思十分高兴，与郑愔一起上楼，向他请教使自己平安无祸的办法，并荐举他作中书舍人，与崔湜一道成为自己的谋主。
武三思与韦后天天在唐中宗面前诬陷敬晖等人，说他们“倚仗功劳专擅朝政，将对大唐的江山社稷不利。”中宗相信他们两人的谗言。武三思等人趁机为中宗出谋划策，“不如封敬晖等人为王，同时罢免他们所担任的职务，这样的话，表面不失为尊宠功臣，而实际上又能剥夺他们的权力。”唐中宗认为这样做很好。甲午（十六日），唐中宗封侍中、齐公敬晖为平阳王，谯公桓彦范为扶阳王，中书令、汉阳公张柬之为汉阳王，南阳公袁恕己为南阳王，特进、同中书门下三品、博陵公崔玄暐为博陵王，同时免去他们的宰相职务，赏赐上述五人金帛鞍马，只要求他们于每月初一、十五朝见天子；又赐桓彦范姓韦氏，让他与韦后同族。不久唐中宗又任命崔玄暐为检校益州长史、知都督事，后来又改任他为梁州刺史。随后武三思便下令文武百官重新恢复执行武则天时期的政策，凡是拒不趋附武氏集团的人都被排斥去位，那些被张柬之、桓彦范等人贬逐的人又重新得到起用，朝政大权全部落入武三思之手。
张柬之等五王请求中宗削去武氏集团成员的王爵时，曾找人为他们拟表，众位朝臣中没有人敢于出头。中书舍人岑羲代他们草拟表章，遣辞用语十分激切；中书舍人偃师人毕构正轮到负责宣读这一表章，言语和神态显得非常严厉。武三思得志以后，便改任岑羲为秘书少监，外放毕构为润州刺史。
易州刺史赵履温，是桓彦范的妻兄。桓彦范诛杀张易之、张昌宗等人之后，声称赵履温也参预诛除逆党的策划，唐中宗召他入京任司农少卿，赵履温把两个婢女送给桓彦范；等到桓彦范被免去宰相职务以后，赵履温又夺回两个婢女。
唐中宗赞赏宋璟忠诚正直，连续把他提拔到黄门侍郎的高位。武三思曾嘱托宋璟替他办一件事，宋璟义正辞严地拒绝他说：“现在太后都已经将帝位传给太子，梁王你就应当以侯爵的身份回到自己家里去，怎么还可以干预朝政呢！你难道不知道吕产、吕禄两人的结局吗！”
唐中宗任命韦安石兼任检校中书令，魏元忠兼任检校侍中，又任命李湛为右散骑常侍，赵承恩为光禄卿，杨元琰为卫尉卿。
在此之前，杨元琰知武三思日益专擅朝政，便向唐中宗请求允许他辞去官位，削发为僧。唐中宗没有同意。敬晖听说这件事后，对杨元琰打趣说：“要是我早一点得知此事，我就去劝陛下同意你的要求，剃光你这胡人的脑袋，岂不是太妙了！”杨元琰长一脸的络腮胡子，看上去像胡人，所以敬晖拿他开这样的玩笑。杨元琰回答说：“人在功成名就以后，如果不激流勇退，就会遇到危险。我的确是从心眼里想辞官出家当和尚的，不仅仅是做个样子。”敬晖知道他的真实想法之后非常吃惊，感到很不高兴。在敬晖等人因武三思的诬陷而被杀后，只有杨元琰一人得以幸免。
上官婕妤劝韦后承袭武则天时期的旧制，向中宗上表请求规定全国士民百姓一律为被父亲休弃的母亲服丧三年。又请求规定天下百姓二十三岁时才算成丁，到五十九年就免除劳役，她要求作这一改变的目的是收买人心。唐中宗对她的所有建议都同意。
癸卯（二十五日），唐中宗颁下制书，下令降低武氏集团成员的爵位，将梁王武三思降为德静县王，将定王武攸暨降为乐寿县王，将河内王武懿宗等十二人降封为公爵，以此满足天下臣民的心愿。
甲辰（二十六日），唐中宗任命唐休璟为尚书左仆射，依旧任同中书门下三品；又任命豆卢钦望为尚书右仆射。
六月，壬子（初四），唐中宗任命左骁卫大将军裴思说为灵武军大总管，目的是为防备突厥兵的侵扰。
癸亥（十五日），唐中宗命令尚书右仆射豆卢钦望遇有军政大事时，可到宰相议事的地方，与宰相们共同商议处理意见。
在此之前，仆射就是正宰相，后来仆射大多兼任中书门下之职，每次上朝都是在上午商议处理朝廷大事，下午处理尚书省的事务。到这时，豆卢钦望专任右仆射一职，不敢参预宰相们对于军政大事的讨论，所以唐中宗下达了这样的命令。此后专任尚书仆射的人，便不再是宰相了。
唐中宗又任命韦安石为中书令，魏元忠为侍中，杨再思为检校中书令。
丁卯（十九日），唐中宗将其兄孝敬皇帝李弘的神主迁入太庙，庙号为义宗。戊辰（二十日），洛水泛滥，冲走二千多户人家。秋季，七月，辛巳（初四），唐中宗任命太子宾客韦巨源为同中书门下三品，仍保留他原任的西京留守职务。
特进、汉阳王张柬之上表请求回到襄州养病；乙未（十八日），唐中宗任命张柬之为襄州刺史，但不主管该州事务而领取全额俸禄。
黄河南北十七个州发大水。八月，戊申（初一），唐中宗因发生水灾的缘故而下诏要求臣下直言规谏自己的过失。右卫骑曹参军西河县人宋务光上疏认为：“水属阴类，是臣下、女人之象，恐怕是后宫有干预外朝政事的，陛下应当设法防患于未然；现在连日大雨不止，朝廷于是关闭坊市北门来祈求晴天，以至于使民间称坊门为宰相，说是朝廷让它来调解阴阳的。再者，太子乃是立国的根本，应当及早选择贤良而有才能的王子，将他立为太子；此外，外戚势力太大，像武三思等人，应当解除他们所担任的重要职务，再多给他们一些俸禄；最后一点，郑普思、叶静能仅凭一些雕虫小技就窃据高位，他们也是败坏朝政的蛀虫。”这篇奏疏呈上来之后，唐中宗根本不审阅。
壬戌（十五日），唐中宗将妃子赵氏追立为恭皇后，将孝敬皇帝李弘的妃子裴氏追立为哀皇后。九月，壬午（初五），唐中宗在明堂祭祀昊天上帝、皇地，以唐高宗李治配享。
当初，唐中宗被贬到房陵时，地方官府对他的限制约束十分严格，只有刺史河东县人张知謇和灵昌县人崔敬嗣两人对他以礼相待，供给的物品十分丰富。唐中宗很感激他们两人，于是将张知謇由贝州刺史提拔为左卫将军，并赐爵为范阳公。崔敬嗣已经去世，唐中宗找到他的儿子崔汪。但由于崔汪嗜酒如命，实在不能胜任任何实际职务，只好让他当五品散官。
唐中宗为韦后的父亲上洛王韦玄贞改葬，其礼仪都依照武则天之父太原王的先例。癸巳（十六日），太子宾客、同中书门下三品韦巨源被免去相职，改任礼部尚书，这是因为他的叔父韦安石被任命为中书令的缘故。
唐中宗任命左卫将军上人纪处讷兼任检校太府卿，这是由于纪处讷娶武三思之妻的姐姐的缘故。冬季，十月，唐中宗命令唐休璟留守京师。癸亥（十七日），唐中宗巡幸龙门；乙丑（十九日），唐中宗在新安狩猎之后又返回东都。辛未（二十五日），唐中宗任命魏元忠为中书令，杨再思为侍中。
十一月，戊寅（初二），群臣给唐中宗上尊号为应天皇帝，为韦后上尊号为顺天皇后。壬午（初六），中宗与韦后一同到太庙拜谢列祖列宗，并下诏赦免天下罪囚；同时下诏将相王李旦和太平公主的实封户都加至一万户。
己丑（十三日），唐中宗登上洛城门南楼观看泼寒胡戏。清源尉吕元泰上疏认为：“君主善于谋划，则四时寒暑自然顺畅，何必赤身裸体，泼水为乐，在大街上击鼓起舞以乞求寒冬的到来呢？！”奏疏呈上以后，中宗没有采纳他的建议。
壬寅（二十六日），武则天在上阳宫驾崩，终年八十二岁。临死时武则天留下遗命：“去掉皇帝称号，以后称为则天大圣皇后。高宗的后妃王氏和萧氏二族以及褚遂良、韩瑗、柳奭三人的亲属都全部赦免。”
唐中宗在为武则天居丧守制期间，派魏元忠代理三天冢宰职务。魏元忠向来就有忠诚正直的声望，因而深得朝野倚重。武三思对此很是担忧，于是伪造武则天的遗命，对魏元忠好言劝慰，并赐给魏元忠封户一百。魏元忠手捧“太后遗制”涕泪纵横，看见这一情景的人说：“魏元忠再也不会有所作为了！”
十二月，丁卯（二十一日），唐中宗才亲临同明殿接见群臣。武则天的灵柩将要与唐高宗李治合葬于乾陵，给事中严善思上疏认为：“乾陵墓穴的门是用石头做成的，石门的门缝又用熔化的铁水密封，如果想打开石门，就必须使用钻凿一类的工具。供奉神之道，重在保持幽静玄远的气氛，倘若兴师动众地打开石门，恐怕对神多有惊动亵。况且夫妻合葬并非古制，汉代皇帝的陵墓，大多数都没有皇后合葬，从魏晋以来，才有合葬的。希望陛下能在乾陵旁边另外选择风水好的地方修建陵墓，假如帝后神灵有知，两人在阴间自然会相聚；如果无知，合葬又有什么用处呢！”唐中宗没有听从他的劝告。
这一年，户部上报唐中宗说，全国共有六百一十五万户，总计三千七百一十四万多人。二年（丙午，公元706年）春季，正月，戊戌（二十三日），唐中宗任命吏部尚书李峤为同中书门下三品，任命中书侍郎于惟谦为同平章事。
闰月，丙午（初一），唐中宗颁下制书：“太平公主、长宁公主、安乐公主、宜城公主、新都公主、定安公主和金城公主都可以开建官署，设置僚属。”因为敬晖、桓彦范和袁恕己三人仍在京师，武三思忌恨他们，乙卯（初十），武三思将三人分别外放为滑州、洺州和豫州刺史。
唐中宗赐予乡和尚万回法云公的称号。甲戌（二十九日），唐中宗封突骑施酋长乌质勒为怀德郡王。二月，乙未（二十一日），唐中宗任命刑部尚书韦巨源为同中书门下三品，还让他列入韦皇后的宗族之中。
丙申（二十二日），唐中宗将胡僧慧范等九人各加授五品官阶，并且分别赐予郡公或县公的爵位；将道士史崇恩等人各加授五品官阶，并且任命他们为国子祭酒员外置同正员；给叶静能加金紫光禄大夫衔。
唐中宗下诏选拔左、右台及朝廷内外五品以上官员共二十人任十道巡察使，让他们负责考察官吏政绩、安抚黎民百姓、举荐贤才和复核平反冤狱。巡察使每两年轮换一次，根据他们的功绩与过失来决定其官职的升降。易州刺史魏县人姜师度、礼部员外郎马怀素、殿中侍御史临漳县人源乾曜、监察御史灵昌县人卢怀慎和卫尉少卿滏阳县人李杰都被选中。
三月，甲辰（初一），中书令韦安石被免去相职，改任户部尚书；户部尚书苏瑰担任侍中、西京留守。苏瑰是苏颋的父亲。唐休璟因年老退休。
先前，少府监丞弘农县人宋之问和他的弟弟兖州司仓宋之逊都因依附张易之而获罪被贬往岭南。两人逃回东都后，藏在友人光禄卿、驸马都尉王同皎家中。王同皎痛恨武三思和韦后的所作所为，每当他同亲近的人谈起他们做的事时，都对武三思和韦后恨之入骨。宋之逊在门帘外听到王同皎所说的话，便秘密地派他的儿子宋昙和他的外甥校书郎李悛告诉武三思，希望通过这样做来将功赎罪。武三思让宋昙、李悛及抚州司仓冉祖雍上书，控告王同皎伙同洛阳人张仲之、祖延庆、武当丞寿春县人周憬等秘密勾结壮士，计划杀掉武三思，并趁机带兵闯入皇宫，废掉韦皇后。中宗指派御史大夫李承嘉和监察御史姚绍之审理这件案子，又让杨再思、李峤和韦巨源参与此案的审理。张仲之历数武三思的罪状，涉及武三思与韦后的私情，杨再思和韦巨源假装睡觉，根本不予理睬。李峤和姚绍之命令手下人将张仲之反绑双手，送到监狱中关押。张仲之挣扎着回过头来，嘴里还在不停地诉说武三思的罪状，姚绍之下令用棍子揍他，打断他的手臂。张仲之大声呼喊着说：“现在我输给了你，我死了一定要到上天那里去告你！”庚戌（初七），王同皎等人都被判处斩刑，家产也都被官府没收。周憬逃到比干庙中，对着比干的灵位高声说道：“您比干是上古有名的忠臣，一定能知道我对大唐朝廷的忠心。武三思与韦皇后淫乱，企图颠覆大唐的江山，迟早会在闹市上被枭首示众，只可惜我见不到这一天了！”说完之后即自杀而死。宋之问、宋之逊、宋昙、李悛、冉祖雍等人都被任命为京官，加封为朝散大夫。
武三思和韦后日夜不停地诬陷敬晖等人，于是唐中宗又将敬晖降职为郎州刺史，将崔玄暐降职为均州刺史，将桓彦范降职为毫州刺史，将袁恕己降职为郢州刺史；当时与敬晖等一起诛灭张易之、张昌宗而立下功勋的人都被当作敬晖等人的同党而受到贬职处分。
唐中宗大量增置员外官，从在京各部门直到地方各州总共增置员外官二千余人，此外，还破格提升近千名宦官为七品以上员外官。
魏元忠从端州回京并被任命为宰相后，就不再犯颜直谏，遇事只是随波逐流；朝野人士对他十分失望。酸枣县尉袁楚客写信给魏元忠说：“现在皇帝刚刚即位，只应使德政日新，您应当引荐君子，斥退小人，以振兴深远的教化，怎么能安于恩宠，对一切都缄默无言呢？现在还不早定太子之位，并选择师傅对他加以辅导教诲，是第一个过失。允许公主开建官署设置僚属，是第二个过失。尊崇僧人，使得他们奔走游说于权贵之家，借助权势广收钱物，是第三个过失。表演乐舞杂戏的卑贱小人窃取朝廷的官位俸禄，是第四个过失。每当有关部门选拔贤才的时候，应选的人都要靠行贿或者依附于权贵之门才能受到任用，是第五个过失。皇帝宠爱提拔宦官近千人之多，从而埋下变乱的祸根，是第六个过失。对王公贵戚的赏赐毫无节制，以至使这些人奢侈成风，互相攀比，是第七个过失。大量增置正员以外的员外官，耗费钱财坑害百姓，是第八个过失。先朝的宫女可以在宫外居住，并且不受限制地出入宫门，与外人交往勾结，大行请托之风，是第九个过夫。旁门左道之徒蛊惑皇帝的视听，从而得以窃取俸禄职位，是第十个过失。当今朝政有这十大过失，您不去尽力匡正，谁还能匡正它呢？”魏元忠读罢来信，只是羞惭地致歉而已。夏季，四月，唐中宗改赠韦后之父上洛王韦玄贞为酆王，韦后的四个弟弟韦洵、韦浩、韦洞、韦泚都被追赠为郡王。
己丑（十六日），左散骑常侍、同中书门下三品李怀远退休。处士韦月将上书控告武三思暗地里与韦皇后通奸，日后必将谋乱叛逆；唐中宗勃然不怒，下令将韦月将斩首。黄门侍郎宋璟上奏请求依法推究审问，中宗越发愤怒，顾不上穿戴整齐，拖着便鞋走出洛阳宫的侧门对宋璟说：“朕还以为早就把韦月将斩首了呢，难道到现在还没有执行吗？”接着下令赶紧将韦月将处斩。宋璟说：“有人上书揭发皇后与武三思有私情，陛下不问，就要杀掉上书的人，臣担心天下臣民一定会对此事窃窃私议。”仍然坚决地请求先进行审问，唐中宗坚决不答应，宋璟于是对中宗说：“如果陛下一定要将韦月将斩首，那就先将我斩首好了！否则臣终不敢按照您的指令行事。”唐中宗的怒气这才渐渐地平息了一些。左御史大夫苏珦、给事中徐坚和大理卿长安人尹思贞都认为刚入夏季便杀戮罪人，与按季节制定的政令相违背。唐中宗于是下令将韦月将处以杖刑，并把他流放到岭南。在这一年秋分的第二天天刚破晓，广州都督周仁轨将韦月将斩首。
御史大夫李承嘉依附武三思，在朝廷上诋毁尹思贞，尹思贞说：“您依附奸臣，将图谋不轨，竟然要首先铲除忠臣吗！”李承嘉十分生气，便上奏中宗弹劾尹思贞，将他外放为青州刺史。有人问尹思贞：“您平日不善言辞，但在当廷驳斥李承嘉时，为什么思路如此敏捷？”尹思贞回答说：“大凡不能发出声响的东西，刺激它就会发出声响。李承嘉仗势欺压我，我只是激于义愤不屈服，也不清楚那些话是从哪里想出来的。”
武三思憎恶宋璟，将他外放为检校贝州刺史。五月，庚申（十八日），唐中宗将则天大圣皇后安葬于唐高宗乾陵。
武三思指使郑控告郎州刺史敬晖、毫州刺史韦彦范、襄州刺史张柬之、郢州刺史袁恕己和均州刺史崔玄暐与王同皎合谋废掉韦后。六月，戊寅（初六），唐中宗将敬晖贬为崖州司马，将韦彦范贬为泷州司马，将张柬之贬为新州司马，将袁恕己贬为窦州司马，将崔玄暐贬为白州司马，一律为员外官，并长期留任，又削夺他们的封爵；此外，还将韦彦范的赐姓夺回，恢复他原来的桓姓。
先前，韦玄贞被流放到钦州后去世，蛮人部落酋长宁承基兄弟前来相逼，要娶韦玄贞的女儿，他的妻子崔氏不同意把女儿嫁给宁承基，宁承基兄弟便杀了她，韦玄贞的四个儿子韦洵、韦浩、韦洞和韦泚也同时被杀。现在唐中宗命令广州都督周仁轨率领两万人马去征讨宁承基兄弟，宁承基等人逃到海上，周仁轨率军追击，将他们斩首，并用砍下来的头颅祭奠崔氏的坟墓，还几乎将宁承基兄弟的部落杀戮抢掠一空。唐中宗对此十分满意，加封周仁轨为镇国大将军，并派他充任广、桂、邕、容、琼五府大使，还赐予他汝南郡公的爵位。周仁轨入朝参见皇帝时，韦后隔着帘子对他行礼，像对待父亲那样对待他。等到后来韦后谋逆败亡，周仁轨作为韦后的同党而被杀。
秋季，七月，戊申（初七），唐中宗立卫王李重俊为太子。太子生性聪明果决，但太子的官属都是王公贵族子弟，这些人平常所做的大多是违法的事情。左庶子姚珽屡次进谏，太子都不听从他的劝告。姚珽，是姚璹的弟弟。
丙寅（二十五日），唐中宗任命李峤为中书令。唐中宗即将回到西京长安，便于辛未（三十日）任命左散骑常侍李怀远为同中书门下三品，充任东都留守。
武三思暗地里派人分条列出韦后的肮赃行为，将这些文字张贴在东都洛阳的天津桥上，文中还请求中宗下诏废黜韦后。唐中宗勃然大怒，下令御史大夫李承嘉彻底追查此事。李承嘉上奏说：“这些文字是敬晖、桓彦范、张柬之、袁恕己和崔玄暐派人书写和张贴的，虽然上面所写的只是请求废黜皇后，但他们实际上是图谋叛逆，请陛下允许将这五个人灭族。”武三思又指使安乐公主在宫中对五人横加诬陷，还指使侍御史郑愔在外朝对五人大加弹劾，唐中宗于是下令司法部门将他们结案判刑。大理丞三原人李朝隐上奏说：“敬晖等人还没有经过详细审讯，不能急于将他们处死。”大理丞裴谈上奏说：“对敬晖等人应当按照皇帝的制命处以斩刑，没收财产，不需要再经过审讯。”唐中宗考虑到曾赐给敬晖等人铁券，许诺过不对他们处以死刑，便下令对他们处以长期流刑，将敬晖流放到琼州，将桓彦范流放到州，将张柬之流放到泷州，将袁恕己流放到环州，将崔玄暐流放到古州，五人的子弟中凡十六岁以上的都流放到岭外。中宗提升李承嘉为金紫光禄大夫，将其爵位晋升为襄武郡公，大理丞裴谈也被提拔为刑部尚书，又将李朝隐外放为闻喜令。
武三思又暗示太子李重俊上表，请求将敬晖等人夷三族，唐中宗没有同意。
中书舍人崔湜对武三思说：“日后如果敬晖等人又回到朝中，最终还是要成为祸患，您不如派使者诈称皇帝的命令把他们杀掉。”武三思问他谁可以作使者去完成这一使命，崔向他推荐大理正周利用。在这以前周利用因受到敬晖等人的憎厌，被贬为嘉州司马。武三思于是让周利用代理右台侍御史职务，奉命出使岭外，等到周利用到达岭外时，张柬之和崔玄暐已经去世，周利用在贵州遇到桓彦范，便命令手下人将桓彦范捆绑起来，放倒在竹筏子上拖着走，直到身上的肉被磨掉露出骨头时，才将他用杖打死；在抓住敬晖后，便将他剐死；袁恕己平素服食丹药，周利用硬逼着他喝有毒的野葛汁，袁恕己喝下好几升之后还没有被毒死，但毒性发作难以忍受，疼得他用手扒土，几乎把手上的指甲都磨掉，然后周利用才用棍棒将他活活打死。周利用回朝后，唐中宗将他提升为御史中丞。薛季昶多次被贬，一直到被贬为儋州司马时服毒自杀。
武三思杀死张柬之、敬晖、桓彦范等五人之后，权势已经超过唐中宗，他常常说：“我不知道世上什么样的人是善人，什么样的人是恶人；我只知道只要是对我好的人就是善人，对我不好的人就是恶人罢了。”
当时，兵部尚书宗楚客、将作大匠宗晋卿、太府卿纪处讷和鸿胪卿甘元柬都是武三思的党羽。御史中丞周利用、侍御史冉祖雍、太仆丞李俊、光禄丞宋之逊、监察御史姚绍之五人都是武三思的耳目，当时人们称这五人为五狗。
九月，戊午（十七日），左散骑常侍、同中书门下三品李怀远去世。起初，李峤任吏部侍郎，想要树立自己私人的恩惠以求再次出任宰相，于是奏请大量增置员外官，广泛举荐高官显贵的亲属、相识充任员外官。不久后他又作了宰相，由于吏部选授官吏制度混乱以及官员数量大量增加国库资财减少的缘故，他于是又上表指出任官太滥的弊端，并且请求辞去宰相的职位。唐中宗对他好言相劝，没有答应他辞去相位的请求。
冬季，十月，己卯（初九），唐中宗从东都出发，又任命前任检校并州长史张仁愿为检校左屯卫大将军兼洛州长史。戊戌（二十八日），唐中宗抵达西京长安。十一月，乙巳（初五），唐中宗下诏赦免全国罪犯。
丙辰（十六日），唐中宗任命蒲州刺史窦从一为雍州刺史。窦从一是窦德玄的儿子，原名窦怀贞，为避韦皇后之父韦玄贞的名讳，才改名为窦从一。他为人一向阿谀依附权贵。太平公主与佛寺为争夺一座利用水力加工米面的碾而打官司，雍州司户李元纮判决佛寺胜诉。窦从一非常害怕，急忙下令李元纮改判太平公主胜诉。李元纮在判决书最后用大字写道：“南山可以移动，这个判决不能更改！”窦从一无法使他改变决定。李元纮，是李道广的儿子。
先前，秘书监郑普思把他自己的女儿送入后宫，监察御史灵昌县人崔日用曾上奏弹劾他，中宗没有听从崔日用的意见。后来郑普思在雍州和歧州两地聚集党羽阴谋作乱。事发后西京留守苏瑰逮捕郑普思，穷究其罪。郑普思的妻子第五氏凭借鬼神邪说得到韦后的宠爱，唐中宗因此而敕令苏瑰不要对郑普思治罪。等到唐中宗从东都回到西京长安之后，苏瑰在朝廷之上争辩此事，唐中宗压制苏瑰而庇护郑普思；侍御史范献忠对中宗说：“请陛下下令将苏瑰斩首！”中宗问道：“为什么？”范献忠回答说：“苏瑰身为留守大臣，却不能先将郑普思处斩，然后再报告陛下，以致于让他眩惑陛下，苏瑰所犯的罪过可大啦。况且郑普思谋反的情节清楚明白，但陛下却偏袒他，为他辨解。臣听说将称王于天下的人不会死，大概就是说的这种情况吧！臣希望陛下先将臣赐死，臣不能面朝北向郑普思称臣。”魏元忠说：“苏瑰是一个严谨忠厚的人，他并没有枉法用刑。郑普思谋反属实，依法应处死刑。”唐中宗无奈，戊午（十八日），下令将郑普思流放到儋州，他的手下党羽都被判处死刑。
十二月，己卯（初八），突厥阿史那默啜进犯鸣沙，唐灵武军大总管沙吒忠义与突厥兵交战，唐军战败，阵亡六千余人。丁巳（初十），突厥兵进犯原州和会州等地，抢掠陇右的军马一万多匹之后撤走。唐中宗免去沙吒忠义的职务。
安西大都护郭元振到突骑施乌质勒的牙帐中商议军事时，正赶上天降大雪，风也很大，郭元振在牙帐前与乌质勒对面站着谈了很长时间，地上的雪积了很深。郭元振连脚都没移动，但乌质勒年高体弱，耐不住严寒，在这次会面之后就死去。乌质勒的儿子娑葛聚集军队，打算进攻郭元振，副使、御名中丞解琬得知这一消息后，劝郭元振趁着黑夜逃离此地，郭元振说：“我以诚心对待他们，又有什么可以怀疑和害怕的呢！再说我们这些人都在他们的势力范围之内，就算是想逃走，又能逃到哪里去呢？”于是十分镇静地躺在床上。第二天早上，郭元振来到乌质勒的牙帐吊唁，放声痛哭，非常悲伤，乌质勒的儿子娑葛被郭无振的义气所感动，便又像以前那样善待他。戊戌，唐中宗册命娑葛承袭鹿州都督、怀德王。
安乐公主倚仗着中宗的宠爱骄横放纵，卖官鬻爵，贪赃枉法，权势压过朝廷内外的人，甚至自己起草制书敕令，将内容覆盖后让唐中宗在下面签名。唐中宗笑着为她签字画押，竟连敕文的内容都不看。安乐公主自己请求唐中宗将她立为皇太女，中宗虽然没有照她说的去做，却也没有责怪她。
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