2018SELEX(072)-001 利用分选流式筛选ATP变构

2018SELEX(072)-001 利用分选流式筛选ATP变构的aptamer

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【推荐语】瞿昊老师的文章。利用分选流式，结合微珠和乳浊液PCR技术，实现ATP变构的适配体筛选。三轮即获得了与之前文献报道亲和力相近的适配体。再次证明分选流式技术在aptamer筛选中的价值。

一、内容简介：

文库设计：

这个文库比较长，共93nt，可变区30nt，被一段15nt的固定序列分成了两段。这样设计主要是为了杂交红色探针方便。

筛选过程如下图所示：

1 将文库通过ePCR扩增到微珠上；2解离成单链；3将两个带有红色和绿色的探针杂交上；4加入靶标孵育，由于部分序列能与ATP结合，从而导致杂交探针的解离；5 分选流式分选出红色荧光降低的部分微珠；6 再次将分选出的微珠与两种探针杂交；7 再次分选双阳性的微珠 8 PCR扩增，在进行下一轮筛选。富集到一定程度之后，进行克隆测序。

为何要做两次分选？因为第一次收集的无红色荧光的微珠，未必都是应为与ATP结合导致无荧光。譬如，序列自身折叠也可能会导致部分序列主动解离。第二次收集前，杂交了两种探针，但仍有部分只有单荧光信息，说明的确有一部分自解离的。

【借鉴与评述】：

分选流式的确是一个很好的方法；

本方法利用率ePCR技术的将单克隆扩增到微珠上。

需要注意的是，本方法中筛选库容其实非常小-10E8，远远小于一般筛选使用的10E15，也小于CE-SELEX中的10E11-12。到底筛选需要多大的库容，才能保证筛选成功，现在并没有定论。至少这篇文章说明10E8也可以筛选成功。另一方面，也说明也许库容并不是影响筛选成败的核心因素，因为通常情况下，库容都是足够大的。

本文的一些实验方法值得借鉴。

二、关键词：

ePCR、 SELEX、FACS、particle display

三、文献信息：

1    Qu, H., Wang, L., Liu, J. & Zheng, L. Direct Screening for Cytometric Bead Assays for Adenosine Triphosphate. ACS Sens, doi:10.1021/acssensors.8b00224 (2018).

IF：5.711

四、原文链接

https://pubs.acs.org.ccindex.cn/doi/full/10.1021/acssensors.8b00224