【SV分析】01怎么下载物种的contig数据

因为小编之前做过一段时间的SV分析，所以想在此分享一下做SV分析的过程。

今天先介绍如何下载物种的contig数据？这是SV分析的第一步。

这里我用Chimpanzee作为例子进行介绍，嘻嘻！

首先我们需要从NCBI的AssemblyDatabase搜索物种信息，chimp的网址是：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCF_002880755.1

如下图所示，我们再此可以知道物种的WGS project ID是 NBAG03，点击进入。

进入到新页面以后，你会看见网页底部有WGS ***，如下图所示，点击WGS。

点击之后，你会进到数据库Sequence Set Browser Database，如下图所示。该界面会介绍该版本基因组的相关信息，比如ID，物种名等。

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/wgs/NBAG03?display=contigs

点进去以后，你会看到download标志，如下图所示，至此，可下载所有的contig fasta文件。如果在服务器上，可使用wget+website进行下载，如果在本地电脑，可以直接点击链接下载。

下载完毕后，你需要合并所有的contig数据到一个contig文件中，用于后续分析。记得要给fasta文件建立索引哦，可以使用samtools faidx – indexes or queries regions from a fasta file建立索引，完整的介绍见网址：http://www.htslib.org/

综上，介绍了做SV分析的第一步，如何下载contig数据。