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单细胞36计之11李代桃僵---绘图配件

单细胞36计之11李代桃僵---绘图配件

作者: Seurat_Satija | 来源:发表于2021-04-01 08:59 被阅读0次

    第十一计李代桃僵
    原指桃、李共患难。比喻兄弟相爱相助。后用来指互相顶替或代人受过。
    如果在军事谋略上,如果暂时要以某种损失、失利为代价才能最终取胜,指挥者应当机立断,作出某些局部、或暂时的牺牲,去保全或者争取全局的、整体性的胜利。

    绘图配件

    除了新功能之外,Seurat还为绘图增加了交互功能,还提供了新的附件功能来处理和合并绘图。

    # LabelClusters and LabelPoints will label clusters (a coloring variable) or individual points
    # on a ggplot2-based scatter plot
    plot <- DimPlot(pbmc3k.final, reduction = "pca") + NoLegend()
    LabelClusters(plot = plot, id = "ident")
    
    image
    # Both functions support `repel`, which will intelligently stagger labels and draw connecting
    # lines from the labels to the points or clusters
    LabelPoints(plot = plot, points = TopCells(object = pbmc3k.final[["pca"]]), repel = TRUE)
    
    image

    以前使用该CombinePlot()功能可以绘制多个图。我们不赞成使用此功能,而建议使用拼凑系统。下面是一个简短的演示,但是请访问此处的补丁程序包网站以获取更多详细信息和示例。

    plot1 <- DimPlot(pbmc3k.final)
    plot2 <- FeatureScatter(pbmc3k.final, feature1 = "LYZ", feature2 = "CCL5")
    # Combine two plots
    plot1 + plot2
    
    image
    # Remove the legend from all plots
    (plot1 + plot2) & NoLegend()
    
    image.png

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