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今天我们介绍一款全平台可以使用的多序列比对工具，那就是Jalview，它的功能非常强大，但是我们今天讲解最基本的多序列比对及结果输出。
你可以导入你的fasta格式的序列，也有其他很多种形式的格式，自行选择。
很多种文件格式
序列载入之后，出现的画面。最下面是一些注释信息，你可以选择去掉，或者保留。
选择所有序列后，开始进行序列比对，选择相应的比对算法，我这里选择muscle方法，并且是默认参数。
开始比对序列
为了输出多序列比对结果，我们将不必要的信息隐藏，然后尽量美观的显示序列比对结果。
一般我们要区分一致性高低的氨基酸，并通过不同颜色来进行更好的可视化。
美化比对结果
图片格式有很多种，你可以选择不同的格式，一边我们就选PNG，如果要高质量发表水平的，你可以选择svg或则eps格式。
图片导出
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本文标题：Jalview使用方法（1）——多序列比对
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/vyicyhtx.html
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