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Jalview使用方法(1)——多序列比对

Jalview使用方法(1)——多序列比对

作者: lxmic | 来源:发表于2020-03-18 20:50 被阅读0次
    打开后主界面

    今天我们介绍一款全平台可以使用的多序列比对工具,那就是Jalview,它的功能非常强大,但是我们今天讲解最基本的多序列比对及结果输出。

    1. 导入序列

    你可以导入你的fasta格式的序列,也有其他很多种形式的格式,自行选择。



    很多种文件格式

    2. 多序列比对

    序列载入之后,出现的画面。最下面是一些注释信息,你可以选择去掉,或者保留。



    选择所有序列后,开始进行序列比对,选择相应的比对算法,我这里选择muscle方法,并且是默认参数。


    开始比对序列

    3. 去掉多余的信息并且分行显示

    为了输出多序列比对结果,我们将不必要的信息隐藏,然后尽量美观的显示序列比对结果。


    4. 相似性显示不同颜色,进行美化

    一般我们要区分一致性高低的氨基酸,并通过不同颜色来进行更好的可视化。


    美化比对结果

    5. 导出图片

    图片格式有很多种,你可以选择不同的格式,一边我们就选PNG,如果要高质量发表水平的,你可以选择svg或则eps格式。


    图片导出

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