Alpha多样性Pielou均匀度指数

问题：usearch计算出来的多样性指标中没有eveness指标，R里边可以算，但觉得应该会有现成的。

解决：vegan包

 1 第一步输入数据整理成矩阵

data = read.table(“otutab.txt”, header = T, sep = "\t", row.names = 1)

data=t(data)#如果格式不对的话需要转置

 2 基于最小值进行重抽样标准,如果16数据通过single_rarefaction.py进行标化

dataR = rrarefy(data,min(rowSums(data)))

 计算各Alpha多样性指数

library(vegan)

计算Shannon-Wiener指数

Shannon.wiener = diversity(dataR, "shannon")

计算Simpson指数

Simpson = diversity(divdata,"simpson")

计算Inverse Simpson指数

Inverse.Simpson = diversity(dataR, index = "inv")

计算物种累计数

S = specnumber(dataR)

计算Pielou均匀度指数

J = Shannon.Wiener / log(S)

计算chao1, ACE

ca = data.frame(estimateR(dataR))

数据保存,将上述数据保存为.csv文件

write.table(J, "Pielou.txt", append = FALSE, sep="\t", quote=F)

Simpson指数值越大，说明群落多样性越高；

Shannon指数越大，说明群落多样性越高

Chao1值越大代表物种总数越多

备注 python scikit包

http://scikit-bio.org/docs/latest/generated/skbio.diversity.alpha.html

qiime2可以计算
http://www.biostack.org/?p=598