官方操作指南
https://vcftools.github.io/documentation.html
用苹果终端做
cd ../../Users/apple/Documents/test
./vcftools --vcf test.filter.prune.in.vcf --weir-fst-pop pop_1.txt --weir-fst-pop pop_2.txt --out pop1_vs_pop2
pop1文本格式如下，亚群里每个样本放在一个txt里
结果
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用苹果终端做
cd ../../Users/apple/Documents/test
./vcftools --vcf test.filter.prune.in.vcf --weir-fst-pop pop_1.txt --weir-fst-pop pop_2.txt --out pop1_vs_pop2
pop1文本格式如下，亚群里每个样本放在一个txt里
结果
官方操作指南 https://vcftools.github.io/documentation.html 用苹果终...
原文链接 Analysis of genome data主要内容：利用vcf文件计算不同群体之间的遗传分化指数方法...
概念回顾 Fst：群体间遗传分化指数，是种群分化和遗传距离的一种衡量方法，分化指数越大，差异越大。适用于亚群体间多...
基本概念 Fst：群体间遗传分化指数，是种群分化和遗传距离的一种衡量方法，分化指数越大，差异越大。适用于亚群体间多...
一、Fst含义 群体间遗传分化指数（Fst）：是种群分化和遗传距离的一种衡量方法，分化指数越大，差异越大。Fst居...
Fst：群体间遗传分化指数，是种群分化和遗传距离的一种衡量方法，分化指数越大，差异越大。 两个种群之间遗传差异的基...
（1）是什么？含义是什么？ ，全称为fixation index，是一种用于衡量群体间分化程度的统计检验量（由Wr...
在群体遗传学中衡量群体间的遗传分化的程度的指标有许多种，较为常见的就是遗传分化指数（Fst），fst是由F统计量演...
大家好，今天给大家分享一种群体遗传学中的一种选择性方法，即群体间遗传分化指数（Fst），也叫固定指数。Fst取值范...
LD(连锁不平衡):计算使用plink,FST(遗传分化指数):计算使用vcftools,可视化分为箱线图和散点图...
本文标题：计算群体分化指数
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/vzmqbctx.html
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