一、Fst含义

群体间遗传分化指数（Fst）：是种群分化和遗传距离的一种衡量方法，分化指数越大，差异越大。Fst居于０~1之间，越接近1表示两个群体之间分化程度越大，受选择程度越高，反之亦然。

二、Fst计算

#对每一个SNP变异位点进行计算（按单点计算）
vcftools --vcf test.vcf --weir-fst-pop 1_population.txt --weir-fst-pop 2_population.txt --out p_1_2—single
#按照区域来计算 
vcftools --vcf test.vcf --weir-fst-pop 1_population.txt --weir-fst-pop 2_population.txt --out p_1_2_bin --fst-window-size 500000 --fst-window-step 50000 

test.vcf是SNP calling 过滤后生成的vcf 文件；
p_1_2_3 生成结果的prefix
1_population.txt是一个文件包含同一个群体中所有个体，一般每行一个个体。个体名字要和vcf的名字对应。2_population.txt 包含了群体二中所有个体。
--fst-window-size # 设置计算Fst的窗口大小，根据自己的数据进行设置，看看别人文章里怎么用的
--fst-window-step # 设置计算Fst的步长长度，根据自己的数据进行设置
我们也可以只计算每个点的Fst，去掉参数（–fst-window-size 500000 --fst-window-step 50000）即可。

image.png
（群体中的Fst值-学习篇 - 百度文库 (baidu.com)

三、Fst值的范围

实际研究中，Fst为0～0.05:群体间遗传分化很小，可以不考虑；
Fst为0.05～0.15，群体间存在中等程度的遗传分化；
Fst为0.15~0.25，群体间遗传分化较大；
Fst为0.25以上，群体间有很大的遗传分化

四、 计算完了之后该干啥？

1、按窗口式计算Fst值的处理

在对两个群体之间进行不同区段的Fst计算之后，需要判断哪一些区段，是“真正”受到了选择压力，根据近期看的文章，得到可以选择前5%的作Fst为一个阈值，对区域进行划分，高于该阈值的被认为受到了选择压力的影响，进一步就可以得到是受到影响的是哪些SNP，最终即可得到受到影响的是哪些gene。

「陈有朴」原文链接：https://blog.csdn.net/qq524730309/article/details/123489362

2、当然，对Fst的计算结果可视化，当然也是非常重要的一部分，

fst图的一些可视化图

image.png
引自群体遗传进化必备小知识 (qq.com) image.png
Fst的计算原理与实战_hs6605015的博客-CSDN博客_fst计算