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chipseq 分析中macs2安装的一个debug过程

chipseq 分析中macs2安装的一个debug过程

作者: labrador1986 | 来源:发表于2018-12-16 15:52 被阅读0次

    conda create -n chipseq python=2
    source activate chipseq
    conda install macs2s

    macs2 callpeak -c IgGold.bam -t RYBP.bam -q 0.05 -f BAM -g mm -n RYBP
    

    运行macs2的时候出现了报错,试了几种方法,把MACS单独安装在一个环境变量,升级下python3,结果都还是报错


    image.png

    经过jimmy大神的协助,安装了libgfortran==1,进行版本降级

    conda install libgfortran==1
    
    

    然后成功debug

    macs2 callpeak -c IgGold.bam -t ring1B.bam -q 0.05 -f BAM -g mm -n ring1B 2/ring1B.macs2.log
    
    
    image.png

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