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小白1分钟绘图:带误差棒的柱状图

小白1分钟绘图:带误差棒的柱状图

作者: 村野孤云 | 来源:发表于2019-10-06 14:55 被阅读0次
    目标图片效果
    想要实现的图片效果

    其实上图说白了就是均值加减标准差,上面的线条是用来标示组间比较的。

    制图清单

    1.工具: R+Rstudio
    2.数据准备:需要如下样式的数据。

    第一列是分组,第二列是均值,第三列是标准差。

    数据格式

    3.设置R软件工作目录:

    为了方便找到结果的图,可以把工作目录设置为桌面。操作如下:

    工作目录设置

    4.跑代码:打开Rstudio导入数据运行代码就行了~

    将数据文件放在桌面,导入数据,注意数据格式为csv,在括号中按Tab键进行导入。

    rm(list=ls())#清除掉全局环境中的文件
    data <- read.csv("")#按Tab键导入你的数据
    

    加载需要用到的R软件包

    ##########加载需要用的R包
    if (!require(ggplot2)) {install.packages("ggplot2")}
    if (!require(ggsignif)) {install.packages("ggsignif")}
    if (!require(ggsci)) {install.packages("ggsci")}
    if (!require(export)) {install.packages("export")}
    

    加载数据,构建绘图函数。(直接运行就行,看不懂也没关系。)

    #######载入数据
    attach(data)
    #构建作图函数
    myplot <- function(data){
      ggplot(data,aes(eval(parse(text=names(data)[1])),eval(parse(text=names(data)[2])),
                      fill=factor(eval(parse(text=names(data)[2])))))+
      geom_bar(position = "dodge",stat = "identity")+
      geom_errorbar(aes(ymin=eval(parse(text=names(data)[2]))-eval(parse(text=names(data)[3])),
                        ymax=eval(parse(text=names(data)[2]))+eval(parse(text=names(data)[3])),
                        color=factor(eval(parse(text=names(data)[2])))),position = "dodge",width=0.3,size=2)+
      scale_y_continuous(expand = c(0,0))+
      labs(x=names(data)[1],y=names(data)[2])+  
      theme_classic(base_size = 22)+
      theme(axis.text.x  = element_text(angle = -45,hjust = 0.2),
            legend.position = "none")+
       scale_fill_lancet()+       #####这里用了lancet杂志的配色方案
       scale_color_lancet()
      
      }
    

    出图~

    ###绘图
    myplot(data)
    
    本文示例数据出的图

    修改Y轴长度,不需要修改这一步可以跳过。

    ###将画出来的图赋值方便修改
    p <- myplot(data)
    ##如果你想改Y轴的范围,可以修改下面“limits=”中的数值
    p+scale_y_continuous(limits = c(0,30),expand = c(0,0))+
      scale_fill_lancet()+
      scale_color_lancet()
    

    接下来就是导出到ppt里,在ppt里就可以直接加上组间对比的线条。
    导出的图所几乎所有对象都是可以修改的,可以自己DIY标题,颜色等等~

    ###导出成ppt自己修改细节
    graph2ppt(file="myplot.pptx",width=7,height=5)
    
    ppt中的图
    扩展

    当然,不用PPT也行,R本身就足够强大,但是需要多了解一点图形语法。
    示例图中线条的增加,可以用ggsignif包来实现,当然用ggplot2自带的annotate函数也可以。

    ###根据本图实际情况的示例代码
    p+scale_y_continuous(limits = c(0,40),expand = c(0,0))+
      annotate("errorbarh",xmin=1,xmax = 2,y=25,size=1)+
      annotate("errorbarh",xmin=1,xmax = 6,y=36,size=1)+
      annotate("errorbarh",xmin = 3,xmax=4,y=29,size=1)+
      annotate("errorbarh",xmin = 1,xmax=5,y=32,size=1)+
      annotate("text",label="*",x=1.5,y=26,fontface="bold",size=5)+
      annotate("text",label="*",x=3.5,y=33,size=5,fontface="bold")+
      annotate("text",label="ns",x=3.5,y=37.5,size=5,fontface="bold")+
      scale_fill_lancet()+
      scale_color_lancet()
    
    

    跑代码出图。


    效果图
    小结

    带误差棒柱状图算是实验类论文中很常用的图形。
    实现起来也不难,本文绘图的主函数,在笔者五年前的破烂小电脑里运行出图,耗时如下,快得飞起。


    绘图耗时计算

    加上载入数据,运行其他代码,还有喝口水的时间,大概需要一分钟吧,可以尝试拷贝代码在自己的电脑运行起来吼~(─‿‿─)

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