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190926【R语言作图】实时定量PCR(RT_PCR)

190926【R语言作图】实时定量PCR(RT_PCR)

作者: 森尼啊 | 来源:发表于2019-09-26 11:16 被阅读0次

    ① 输入ct值,直接导出带误差线的柱状图。
    ② 使用到的R包,"pcr",官方包的安装和使用教程详见:https://www.rdocumentation.org/packages/pcr/versions/1.1.2

    rm(list=ls())
    library(pcr)
    library(ggplot2)
    #读取数据
    rt_ct <- data.table::fread(file = "test_CT_value.csv",data.table = F)
    rt_ct_1 <- rt_ct[,-1]
    
    rt_ct
    rt_ct_1
    group_var <- rep(c("sampleA","sampleB","sampleC"), each = 3)
    #使用2-△△t方法,以sampleC的GAPDH为基准,也就是最后呈现的图,相对表达量为1。
    res <- pcr_analyze(rt_ct_1,
                       group_var = group_var,
                       reference_gene = 'GAPDH',
                       reference_group = 'sampleC')
    #数据保存下,看些里面都有什么
    write.csv(res,file = "test_Caculated_results.csv",row.names = F)
    

    计算并导出的数据如下表


    res
    
    #画图
    pdf("test_Relative_expression.pdf", width = 3,height = 5)
    ggplot(res, aes(x=group, y=relative_expression)) +
      geom_bar(stat = "identity",fill="skyblue") +
      geom_errorbar(aes(ymin=lower, ymax=upper),colour="orange") +
      ylab('Relative_expression')
    dev.off()
    

    画出的柱状图如下:


    image.png

    这个图的美观度我就不说什么了,可以自己调整参数来修改,这个包还是比较方便的。

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