评价测序的指标：价格、准确率、读长、通量。
通量指的是单位时间内所能产生的数据量，=测序速度*同时进行的测序反应数量。
测序深度：测序基因组单个基因的平均被测次数，次数越多，错误率越低。

1.一代Sanger测序 DNA双脱氧链终止法测序

DNA双脱氧链终止法测序(from生信星球).jpg
假设一个DNA片段是TGACTTCG
我利用引物和DNA聚合酶将其分成8份
分别是
1.T
2.TG
3.TGA
4.TGAC
5.TGACT
6.TGACTT
7.TGACTTC
8.TGACTTCG
有四个人，T君，C君，G君，A君
他们只认识自己的名字T、C、G、A，还会数数123456789...
现在他们把开始根据最右端的字母认领自己的片段，并数数是在第几位
T君喊：1,5,6
C君喊：4,7
G君喊：2,8
A君喊：3
将信息汇总后，就可以得到序列
12345678分别是
TGACTTCG
整个过程缓慢、机械、但异常精确，且测序长度有限，超过1000个数，这四个人就记不住了，就要从头数起。此为一代测序原理。

2.二代或下一代测序 循环阵列合成测序

核心方法是：PCR扩增+荧光检测
核心思想是：边合成边测序

二代测序原理（from美格基因）.jpg
假设一个人去泳池游泳，这个人的躯干就是一个DNA片段TGACTTCG
头TGACTTCG脚
泳池底都是有克隆功能的水怪A,B
人一下水就会被泳池底的水怪A抓住脚
从而垂直在水里
被克隆出镜像
镜像向水怪屈服低头
水怪B抓住镜像的头
利用镜像复制出同样的人
死人和镜像被水冲走
新人被留下
通过不断重复克隆过程
水池中站满了人
通过闪光灯的方式给人不断拍照
红黄蓝绿
根据拍照的次数和颜色
判断出DNA片段的序列

头—镜像
T-克隆- A
G-克隆-C
A-克隆-T
C-克隆-G
T-克隆- A
T-克隆- A
C-克隆-G
G-克隆-C
脚
《陈巍学基因》
泳池深度有限，二代测序读长约50bp-300bp

3.第三代测序

改进PCR或荧光检测为单分子测序或离子流测序
单分子测序省掉了PCR的步骤
离子流测序改进了荧光测序的繁琐