使用 docker 搭建 linux blast 环境，进行本地

1. 启动 docker（启动前肯定是先进行 docker 安装和 liunux 环境的下载，如需本步，下次进行介绍）
2. 创建镜像并创建新用户

docker run -itd --name=blast ubuntu:20.04 /bin/bash    ##创建名为 blast 的镜像(如果是 pull 下来的镜像，后面的命令可以不写)
docker exec -it blast /bin/bash                        ##进入 blast 镜像
useradd  -m lb                                         ## 创建新用户
passwd lb                                              ##设置新用户密码
su  lb                                                 ##切换用户
exit                                                   ##退出用户，回到 root 权限

3. 安装必要基础软件

apt update
apt install -y vim,wget

4. 安装 blast 并配置环境

wget [https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.14.0+-x64-linux.tar.gz](https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.14.0+-x64-linux.tar.gz)
tar -zxvf ncbi-blast-2.14.0+-x64-linux.tar.gz
vim ~/.bashrc
echo "export PATH=/home/lb/blast+/bin:/\$PATH”>> ~/.bashrc  ## 也可以 vim 状态下写入
source ~/.bashrc

问题：显示无 source
解决：执行ls -l /bin/sh命令，若得到结果/bin/sh -> dash，则说明Shell的解释器为dash。
执行dpkg-reconfigure dash命令，然后选择no。需 root 权限)

5. 测试 blast

blastn —help

问题：(blastn: error while loading shared libraries: libgomp.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory)
解决：apt-get install libgomp1 （root 权限，并且最后是数字 1）

6. 建库并进行blast比对分析

docker cp 本机地址/B73_RefGen_v4_genomic.fasta dockerid:/home/lb   ##上传基因组文件，也可以使用 wget 网上下载
makeblastdb -in B73_RefGen_v4_genomic.fasta -dbtype nucl          ## blast 建库
blastn -query 5k.fa -db B73_RefGen_v4_genomic.fasta -out 60k.v4.txt -evalue 1e-5 -outfmt 6