使用前需提前注册一个账号
登录网址
manual

数据上传

1. from local computer
2. from server:
   curl -T [my_data_filename] -k -v -u [username] ftps://repeatexplorer-elixir.cerit-sc.cz/
   需输入登录密码

数据下载

filezilla软件下载地址
主机：ftps://repeatexplorer-elixir.cerit-sc.cz
用户名：yanglook
密码：xxx

数据处理

从公司拿到原数据（此处只针对NGS的双端测序数据）后，先用Trimmomatic进行去接头等处理，后可以用FastUniq去除duplicate reads。之后再将数据上传到Galaxy平台上的RepeatExplorer上。

思路

先用Input或参考基因组数据做Cluster处理，search出整个物种含有哪些repeat，其次用Cluster中的contig为database，计算ChIP/Input ratio，找出候选的centromere，最后进行FISH验证。

流程

1. FASTQ-Groomer---Filter by quality---FASTQ Interlacer---
   FASTQ to FASTA---Rename sequence---Clustering---下载Archive文件
   参数：均使用默认，在clustering时，用目标物种的自定义的repeat数据库进行注释。
2. 以contigs为database, Input和ChIP为query, 分别用blastn计算各自reads map到每个cluster上的丰富度。参数：“-evalue 1e-8 -num_alignment 1 -wordsizes 9 -dust no -gapopen 5 -gapextend 2 -penalty -3 -reward 2"
3. 选择ChIP/Input 或ChIP/WGS>2的cluster，以cluster
   的monomer为着丝粒候选探针，通过FISH验证。