关于R包安装的一些小Tips

今天是我第1.5天的实习，部门主管给了我四组代码，做的都是医学方向的，之前也在咸鱼上跑过类似的代码，但是毕竟不上科班出身，实在看不懂，但是想着随便跑跑还是可以的，于是就出现了如下惨案：

colortools报错 GSVA报错

汇报给部门主管后，很快得到回复，主要是安装的方式有问题，一般R包直接安装就可以，生信分析相关的部分R包可以用Bioc安装

install.packages('BiocManager')
library(BiocManager)
BiocManager:install("")

接下来便是安装源自Github（https://github.com/）的R包了，需要先安装devtools包，然后用devtools包里的install_github函数来进行安装，代码如下：

install.packages('devtools')
library(devtools)
install_github('')

colortools和seurat可以用devtools安装：

devtools::install_github("gastonstat/colortools",force=TRUE)  
devtools::install_github('satijalab/seurat-data',force=TRUE)

软件版本过老，可以更新一下

###更新代码：
install.packages("rlang")

最终安装成功

总结一下，R包的安装主要有五种方法，包括：

1）install.packages("")直接安装
2）从R语言官网上直接下载相关R包并安装；
3）从Bioconductor上下载R包并安装；
4）从Github上下载R包并安装；
5）手动安装R包。其中前三种都是利用代码直接自动化下载并安装，最后一种需要手动下载并安装。接下来我将和大家分享R包的具体安装：

投个懒，交给师妹了

师妹牛逼！

更新R包：

install.packages('installr')
library(installr)
updateR()

参考链接：
R语言入门之R包的安装 - 知乎 (zhihu.com)