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单细胞-稀疏矩阵

单细胞-稀疏矩阵

作者: MYS_bio_man | 来源:发表于2022-04-07 13:54 被阅读0次

    IPF:GSE136831,这个数据跟我平时处理的单细胞数据格式不一样,查过问过请教过,原来是这里下载得到的是稀疏矩阵。

    sparse matrix是用来存储大型稀疏矩阵用得,单细胞表达数据基本都用这个格式来存储,因为单细胞很大部分都是0,用普通文本矩阵存储太占空间。

    使用简单:
    library("Matrix")
    readsCount <- read.csv("data/count.csv", header = T, row.names = 1)
    readsCountSM <- as(as.matrix(readsCount), "dgCMatrix")
    转回去,as.matrix() 就可以了
    

    TIPs: 用R的dgCMatrix包来构建稀疏矩阵 | sparse matrix by dgCMatrix;下载数据包含“sparse”字样考虑是稀疏矩阵


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