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论文数据

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作者: oceanandshore | 来源:发表于2024-06-14 01:07 被阅读0次

    网站 - Single Cell Portal

    一、PBMC

    1、炎症

    人类肝硬化的纤维化- [ GSE136103]- 5个纤维化肝组织,5个正常肝组织。4个PBMC (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE136103) NAFLD 4个PBMC
    新冠整体一个数据 - GSE158055
    败血症-sepsis - GSE167363 10个脓毒症 2个对照
    流感和新冠- GSE149689 5个流感 4个对照 11个新冠 数据合在一起的
    白塞病 -BD GSE198616 8个白塞病,8个对照。还有PBMC转录组
    系统性红斑狼疮 SLE - GSE135779 8 adult SLE (aSLE) patients and 6 个对照 (aHD)。剩下的是小孩数据
    多发性硬化症-MS - GSE138266 5个MS,没有对照
    原发性干燥综合征 (pSS)- GSE157278 5个样本,5个对照,10个样本才5W细胞,19年测的数据
    系统性硬化症(SSc)
    新冠伴有肺纤维化 - GSE165182 3个中等严重,12个重症,4个对照。
    特发性肺纤维化 (IPF) - 单细胞分析揭示进行性特发性肺纤维化中的免疫畸变 - PubMed 文章下载不了
    乙肝 - GSE182159 17个肝炎,6个健康,PBMC和肝组织匹配。PBMC是全部,肝组织是CD45+
    疟疾-malaria- GSE217930 3个成年人的感染第0天,2个对照(20多岁的年轻人)
    克罗恩病 - GSE134809 9个PBMC, 细胞因子阻断治疗回肠克罗恩病。没有具体服药情况,没有对照。 第一个是V1建库,后面的是V2建库。
    IBD - GSE125527 15个PBMC,CD45+ , 两种疾病都有,没有对照。 数据质量不行,不能用。
    克罗恩病- GSE269631 2个治疗前的 PBMC( S001_010_pre_RE_ 和 S002_016_pre_RE),4个治疗后的,没有对照。

    2、肿瘤

    胰腺导管腺癌(PDA)- GSE155698 17个肿瘤 4个对照
    胆管癌-ICC 5 名患者,所有患者在肿瘤切除前均未接受过任何术前治疗(化疗、放疗或抗肿瘤药物)。- GSE201425 5个PBMC
    肾癌-RC GSE121636 肾癌和PBMC的CD45+ ,3个PBMC
    三阴性乳腺癌- GSE169246 混在一起的,不知道能不能用。没用这个
    头颈癌 - GSE139324 有PBMC,但是19年的数据,数据太小,几兆
    化疗后急性髓性白血病-AML - GSE235857 6个实验,6个对照。
    头颈部鳞状细胞癌 -

    GSE164690 新加的,未接受治疗的患者,CD45+ 阳选 的PBMC。

    膀胱肿瘤 - 文章下载不了- 尿液 scRNAseq 揭示了膀胱肿瘤免疫微环境的新见解 - PubMed

    下面是最后加的

    鼻咽癌 - NPC - GSE162025

    10g个 PBMC 没有对照

    黑色素瘤-Melanoma(MELA)-- GSE139249 5个PBMC 没有对照。

    3、代谢性疾病

    妊娠期糖尿病(脐带血样品)- GSE212309
    急性冠状动脉综合征 - GSE184073 样品是动脉粥样硬化斑块,不是PBMC
    1 型糖尿病- GSE221297 青少年样本,年龄没写。 9个糖尿病,3个对照
    糖尿病足 - GSE165816 7个糖尿病PBMC,3个对照。
    阿尔茨海默-AD- GSE181279 3个患者,2个对照。是老年人 , CD45+
    痛风 - GSE211783 的痛风患者发作期和缓解期各三例 PBMC 新加的

    二、肝脏

    人类肝硬化的纤维化- GEO Accession viewer CD45-

    三、肺

    有用的文章-单核细胞相关

    三、肠道

    溃疡性结肠炎 - GEO Accession viewer 有PBMC,但是是CD45+的

    三、其他数据

    健康儿童PBMC 3个 - GSE206295

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