bwtool的下载安装

bwtool是处理bigWig格式文件的一个实用程序，bigWigs是一个索引和压缩的wig文件形式，是一种用于存储全基因组实值信号数据的标准格式。ENCODE的大多数数据都是这种形式的，而且在GEO中出现的频率也很高。bwtool的目的是通过提供一些方便的函数使这些文件更实用。

bwtool安装

访问bwtool官网

bwtool界面
在官网中可以看到有Installation这一目录
Installation
这里我们可以看到，安装bwtoll只需要几行命令就可以完成，bibbeato是唯一的需求
此处提供了两种安装方式，
第一种To install bwtool system-wide(i.e. with root/sudo access)是在有root权限的情况下下载；
第二种to install bwtool locally是在本地安装。
视情况选择。（ps.Linux系统下安装）
此处我使用第二种。

step1

下载libbeato输入git clone https://github.com/CRG-Barcelona/libbeato.git

下载成功

下载bwtool输入git clone https://github.com/CRG-Barcelona/bwtool.git

下载成功

安装libbeato

cd libbeato/
./configure --prefix=$HOME CFLAGS="-g -O0 -I${HOME}/include" LDFLAGS=-L${HOME}/lib
make
make install

安装bwtool

cd ../bwtool/
./configure --prefix=$HOME CFLAGS="-g -O0 -I${HOME}/include" LDFLAGS=-L${HOME}/lib
make
make install

到此处如果试运行bwtool命令成功则安装成功，但是在安装过程中若遇到erro情况则需要进行下一步

step2

常见报错有

0b649571cae6454732dc22bafd08ba2.png
63fd3e0f139cd92d3f0802edc9798bb.png
为解决此问题需要输入以下
git clone https://github.com/madler/zlib
git clone --recursive https://github.com/andypohl/bwtool-ue.git
此时文件夹中有 bwtool zlib bwtool-ue libbeato,依次对其进行安装

cd bwtool-ue/
./configure
make
make install
cd ..

cd libbeato/
git checkout 0c30432af9c7e1e09ba065ad3b2bc042baa54dc2
./configure --prefix=$HOME CFLAGS="-g -O0 -I${HOME}/include" LDFLAGS=-L${HOME}/lib
make
cd ..

cd zlib
./configure
make
cd ..

cd bwtool/
./configure CFLAGS='-I../libbeato -I../zlib' LDFLAGS='-L../libbeato/jkweb -L../libbeato/beato -L../zlib'
make
make install

最后出现 505a74d5acd3acd3f7323eff7d8c106.png

则安装成功
试运行bwtool

bwtool命令介绍

step3

使用bwtool下的命令
matrixhttps://github.com/CRG-Barcelona/bwtool/wiki/matrix

The matrix program provides another way to extract data from a bigWig. If what are desired are regularly-sized regions of data surrounding given loci, then this is the program to use.

aggregatehttps://github.com/CRG-Barcelona/bwtool/wiki/aggregate