SGE 集群相关命令

qstat

qstat 查看自己作业
qstat -u user 查看某个用户作业
qstat -u * 查看所有用户索嘢
qstat -j jobID 查看某个作业详细信息
qstat -f 查看自己在每个节点作业信息
qhost 查看所有节点的使用信息

qhost

qhost -j按照节点显示任务
qhost -F展示每个节点的资源

qdel 删除作业

qdel jobID 删除某个作业
qdel -u usrname 删除某个用户的所有任务

qhold挂起任务

qhold job_id 挂起某个作业
qhold -u * 挂起所有作业

qsub提交作业

echo "snakemake" | qsub -cwd -q res
qsub -cwd -l vf=10g,p=2 -S /bin/bash -q res samples_bwa_01001.sh 提交任务到res节点
-cwd 在当前工作目录
-l 资源申请 vf 内存 p 核心数 h 指定节点
-q 申请队列
-N 作业名

qlogin

qlogin -q res 交互登录到res节点

其他

snodes 查看节点负载

任务状态

查看当前用户在当前节点提交的所有任务，任务的状态有4中情况：

• qw，等待状态，刚提交任务的时候是该状态，一旦有计算资源了会马上运行；
• hqw，该任务依赖于其它正在运行的job，待前面的job执行完毕后再开始运行，qsub提交任务的时候使用-hold_jid参数则会是该状态；
• Eqw，投递任务出错；
• r，任务正在运行；
• s，被暂时挂起，往往是由于优先级更高的任务抢占了资源；
• dr，节点挂掉后，删除任务就会出现这个状态，只有节点重启后，任务才会消失。

参考

1.http://bioinformatics.mdc-berlin.de/intro2UnixandSGE/sun_grid_engine_for_beginners/how_to_submit_a_job_using_qsub.html