公司的设立协议，也被称作为发起人协议，是在公司设立过程中，由发起人订立的关于公司设立事项的协议，作用在于约定公司设立过程中的法律关系与法律行为，协调发起人之间的关系及权利义务。公司设立协议的内容和形式，我国法律目前没有强制规定，关键以《合同法》等条款进行实质审查，决定其效力是否有效。
因为公司的设立协议是建立在发起人之间设立公司的目的之上，属于发起人之间关于组建公司的民事合同，发生的争议属于民事争议，对其以《合同法》规范加以适用，按照相关民事程序予以解决。
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公司的章程，按照《公司法》的规定，设立公司必须依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。公司的章程属于组织法上的关系，股东享有什么样的权利，承担什么样的义务以及违反义务时承担什么样的责任，均应服从公司章程的规定，而不能自由约定，如需改变，应按照《公司法》的规定修订章程，并办理变更登记。
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在实践中，公司设立协议的内容通常被公司章程吸收，即便是公司章程对公司设立协议有修改，也都真实地表达了发起人对组建公司的一致意见。但是并不是说成立公司一定要先有设立协议，再有公司章程。同时，公司章程也并不一定完全取代公司设立协议。公司章程的变更，并不必然导致公司设立协议的失效。
由此可见，公司的设立协议和公司的章程，在某种程度上讲，有区别，也有联系。当两者之间存在内容不一致或者冲突的时候，一般认为应视具体情形而定。对内，即属于协议各方之间的争议时，应以协议为准；对外，即因有协议之外的主体因与公司发生争议或后加入的股东之间发生争议的，为保护善意第三人，应以章程为准。
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