gatk VariantFiltration（Mutect2后）

关于vcf文件的学习（所有的需要信息都在头文件中）

FORMAT

variants的格式，例如GT:AD:DP:GQ:PL

GT:样品的基因型（genotype）

两个数字中间用’/'分 开，这两个数字表示双倍体的sample的基因型。
0 表示样品中有ref的allele；
1 表示样品中variant的allele；
2表示有第二个variant的allele。

所以：
0/0表示sample中该位点为纯合位点，和REF的碱基类型一致
0/1表示sample中该位点为杂合突变，有REF和ALT两个基因型（部分碱基和REF碱基类型一致，部分碱基和ALT碱基类型一致）
1/1表示sample中该位点为纯合突变，总体突变类型和ALT碱基类型一致
1/2表示sample中该位点为杂合突变，有ALT1和ALT2两个基因型（部分和ALT1碱基类型一致，部分和ALT2碱基类型一致）

AD和DP

AD(Allele Depth)为sample中每一种allele的reads覆盖度,在diploid（二倍体，或可指代多倍型）中则是用逗号分隔的两个值，前者对应REF基因，后者对应ALT基因型

image.png

DP(Depth)为sample中该位点的覆盖度，是所支持的两个AD值（逗号前和逗号后）的加和

image.png

例如：
1/1:0,175:175—GT:AD(REF),AD(ALT):DP
0/1:79,96:175
1/2:0,20,56:76
这里的三种类型对应的DP值均是其对应的AD值的加和，1/1的175是0+175，0/1的175是79+96，1/2的76是0+20+56

GQ:基因型的质量值（Genotype Quality）

Phred格式（Phred_scaled）的质量值，表示在该位点该基因型存在的可能性；该值越高，则Genotype的可能性越大；
计算方法：Phred值=-10log(1-P)，P为基因型存在的概率。（一般在final.snp.vcf文件中，该值为99，为99时，其可能性最大）

PL:指定的三种基因型的质量值（provieds the likelihoods of the given genotypes）；

这三种指定的基因型为（0/0，0/1，1/1），这三种基因型的概率总和为1。该值越大，表明为该种基因型的可能性越小。Phred值=-10log(P)**，P为基因型存在的概率。最有可能的genotype的值为0

关于突变的帅选

文章 Identification of trunk mutations in gastric carcinoma的筛选方法

image.png

关于VariantFiltration 的各个参数

参考https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/tooldocs/current/org_broadinstitute_hellbender_tools_walkers_filters_VariantFiltration.php


首先尝试使用单个样本进行尝试

gatk VariantFiltration \
-V P174635_LN_filter.snp.vcf \
--filter-expression "CONTQ < 50 || DP < 500 || GERMQ < 30 " \
--filter-name "yuqiao" \
-G-filter "AF < 0.1" \
-G-filter-name "low_AF" \
-O P174635_LN_filter.snp.filter.vcf

注意：每个筛选都需要给一个名字。

image.png

此时在文件中的Format 这一栏，两个样本（癌组织和癌旁组织）都会多一个栏目FT（filter的意思），按照标准，分为PASS and low_AF加以区分。