磨刀不误砍柴功之合并相同样本的fastq文件

• 第一步，将相同样本名字和对应的SRR编号放在一起(excel直接复制)

vi sample.txt
a       srr1
a       srr2
b       srr3
b       srr4
b       srr5

• 第二步修改SRR数据文件名

for i in `cat sample.txt|tr "\t" "_"`;do mv ${i##*_}.fastq.gz $i.fastq.gz;done

• 第三步合并文件

for i in `cat sample.txt|cut -f1|sort|uniq`;do zcat ${i}_*.fastq.gz  >>$i.fastq;bgzip $i.fastq;done