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磨刀不误砍柴功之合并相同样本的fastq文件

磨刀不误砍柴功之合并相同样本的fastq文件

作者: 宗肃書 | 来源:发表于2022-07-22 11:56 被阅读0次

  • 第一步,将相同样本名字和对应的SRR编号放在一起(excel直接复制)
vi sample.txt
a       srr1
a       srr2
b       srr3
b       srr4
b       srr5
  • 第二步修改SRR数据文件名
for i in `cat sample.txt|tr "\t" "_"`;do mv ${i##*_}.fastq.gz $i.fastq.gz;done
  • 第三步合并文件
for i in `cat sample.txt|cut -f1|sort|uniq`;do zcat ${i}_*.fastq.gz  >>$i.fastq;bgzip $i.fastq;done

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