- 第一步,将相同样本名字和对应的SRR编号放在一起(excel直接复制)
vi sample.txt
a srr1
a srr2
b srr3
b srr4
b srr5
- 第二步修改SRR数据文件名
for i in `cat sample.txt|tr "\t" "_"`;do mv ${i##*_}.fastq.gz $i.fastq.gz;done
- 第三步合并文件
for i in `cat sample.txt|cut -f1|sort|uniq`;do zcat ${i}_*.fastq.gz >>$i.fastq;bgzip $i.fastq;done
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