我比较懒。想花费比较少的时间合并转录组数据。
放一个数据的图片
image.png
需求：合并一个文件夹下的所有样本的带ensembl编号的转录本的表达量
for i in `ls *.tab`;do sort -k1,1 $i |grep "ENSSSCG"|awk '!a[$1]++' |cut -f8 > ${i%%.*}.tmp;done #是因为基因ID有重复的一两个，手动找的话比较费时间
paste *.tmp >allsample.tmp
ls *.tab|tr "\n" "\t" |sed "s/.tab//g" >header.tmp
vi header.tmp #手动删掉最后一个空格
cat header.tmp allsample.tmp >allsample.fpkm
rm -f *.tmp
我比较懒。想花费比较少的时间合并转录组数据。放一个数据的图片 直接写命令
磨刀不误砍柴功
第一步，将相同样本名字和对应的SRR编号放在一起(excel直接复制) 第二步修改SRR数据文件名 第三步合并文件
磨刀不误砍柴工，从现在开始要花时间去整理素材，归类好，越细致越好，灵感就是从自己收集到的优秀的素材那里来的！
磨刀不误砍柴功，砍柴要砍的快刀要磨的够锋利才行，大道理大家都懂，可是能耐下心先细细把刀磨锋利再砍柴的却少，所为知易...
林肯说过，假如我有八个小时来砍一棵树，我会花七小时来磨斧子。仔细琢磨这句话，是非常有道理的。所谓欲速则不达，凡事只...
中午，依照在书画社休闲，久未碰面的大咖老师来了。看我画了2个柿子形状后，老师指点了三个要点： 一、水分：画水果要注...
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今天要做写一篇文章发布到我的公众号里里面去。 写完了内容，发现自己排版已经有些生疏了，慢慢的把排版问题解决了，最后...
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本文标题：磨刀不误砍柴功之合并所有样本的表达量
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