这个小男孩儿是一个特别调皮，特别爱捣蛋的人，像男孩儿。他们家特别特别的穷，而这个小男孩儿又特别喜欢捉弄他们家农场的动物 ，什么鸡，鹅，马，猫，牛，都让他捉弄过。而一天他不小心招惹到了一个小狐仙，小狐仙就也把它变成了一个和他一样的小狐仙 ，尼尔斯从一个14岁的男孩子 ，一下子变成了差不多只有大拇指高的“小”男孩子。于是他就在原地愣了一会儿想“过几分钟是不是就可以变回来了呢？”可并没有什么变化，他依旧如此的小。
于是他就去到农场里找小狐仙，他听妈妈说小狐仙一般在马厩里面，所以他就去那你找小狐仙。
可是刚一出来，就被他平时欺负的鸡鸭鹅围了个水泄不通，又被猫羞辱了一番，心情低落的他坐在高高的石头围墙上，突然他听到头顶有什么声音，他抬头一看，发现是要南迁的大雁群，大雁们说：“和我们一起走吧，和我们一起走吧。”而农场中唯一的一只雄鹅心动了，准备和他们一起飞走，可是尼尔斯却知道，如果雄鹅飞走，父母会伤心，家中也会有一个很大的损失，所以他想去阻止它飞走，却被一起带了起来，飞向远方。
在雁群降落了之后，他帮助疲倦的雄鹅喝水，和他一起睡觉。
可是雁群里的雁首领好像不太想带两个“累赘”就对他们说，你们真的要去南方吗？熊娥表示说，她只是想对他们证明一下，就算我是一只家禽，我依然可以飞到南方去 ，而尼尔斯却表示说在家很无聊，我也想跟你们一起去冒险 ，所以说这两个人虽然依旧在跟着雁群一起南迁。但是艳群里的人很明显还是不太相信他们 ，无歧视不相信这个小男孩尼尔森 。是有一次一只狐狸偷偷的在夜晚跑来叼走了雁首领 ，第二声在晚上睡不着觉，跑出鹅的翅膀，却看见了这一幕。他就偷偷的跟了上去，然后一把拽住了狐狸的尾巴，让他把大雁放下 ，之后，他见狐狸放下了大雁，要来抓自己，就灵机一动，踩着狐狸的背，跳到了一个树枝上。就这样他们两个这样僵持了一晚上。而这样也终于让雁首领相信了他。
后来他们又一起帮助黑老鼠消灭灰老鼠 ，尼尔斯拿出了他的小竹笛，像吹竹笛的人一样，把全部的灰老鼠都引到了离他们住的很远的地方。
后来他们要被天鹅追赶、尼尔斯有和雁群分开，被一个老人关在了一个公园里 ，老人死后他又救出了雁首领养大的鹰，和他一起回到了燕群身边等等的事情。
后来，大雁们又回到了他们和尼尔斯相遇的地方，送雄鹅和尼尔斯回家 ，尼尔斯去见了他曾经欺负过的牛，得知家里面其他的两头牛已经被父母卖掉了 ，又去马棚里看了那一匹马，在他的马蹄上面检查并且刻下了他每次走路都会疼的原因，保障他父亲来帮马检查一下 。而这时，雄鹅带着七只雁来参观他住过的鹅棚，却被尼尔斯的妈妈一起关在了鹅棚里 ，在他们被父母抓回家以后 ，尼尔斯冲到了家门外，使劲地敲起了门 并且不求父母不要把他们杀掉 ，在父母看到他之后，他才发觉自己不知何时，又变回了那个高高瘦瘦的自己 。
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