2019-04-17

1. 命令前台和后台执行

program1 input.txt > results.txt &

jobs 查看后台有多少程序

fg 可以将后台命令转到前台

fg %<num> where <num> is its number in the job list

程序在后台运行也会被kill ,当shell 关闭时候，或者与远程连接的电脑断开连接

2.将正在运行的程序转到后台需要先暂停然后转移

暂停  control-z 

后台 bg

如果有多个正在运行的程序

可以先暂停，然后jobs

bg %<num>  <num> is its number in the jobs 

3. program1 input.txt > intermediate-results.txt && \

    program2 intermediate-results.txt > results.txt

&& 只有当program1执行完才执行program2

4. program1 input.txt > intermediate-results.txt || \

  echo "warning: an error occurred"

只有当program1不能执行时候才执行 ||

5. 如果不关心程序的状态就是想顺序执行几个程序  ;

true;false;true;false; echo "none of previous mattered"

6. grep -c '^>' input.fasta

in this case our pattern ^> matches fasta header lines

7. echo "There are $(grep -c '^>' input.fasta) entries in my FASTA file."

8. mkdir results-$(date +%F)

9. alias 命令类似于快捷键

10.SSH远程登陆主机

11.怎么创建公共密钥

12. nohup and  Tmux 防止termial 意外关闭导致程序终止

13.nohup program1  >  results&

使用 jobs 查看任务。

使用 fg %n　关闭

14. tmux 分屏，可以不间断程序

15. git 

apt-get install git 

git config --global user.name "laughing"

git config --global user.email "861483190@qq.com"

git config --global color.ui true

git 有两种方式创建文件夹，一种是直接创建，另外一种是clone from others

git init 直接在当前文件夹创建一个.git/的文件夹

github and bitbucket

https://github.com/lh3/seqtk

git clone https://github.com/lh3/seqtk.git

git clone git://github.com/lh3/seqtk.git

16.

cd ..                  返回上一级目录

cd ../..               返回上两级目录

cd或cd ~           返回home目录

cd - 目录名       返回指定目录

17 git status 

describes the current state of your project repository

git add README data/README

将README 和 data/README加入到git track

18. git commit -m "initial import"

19. git config --global core.editor emacs

20. git commit -a -m "your commit message"

21 git diff

22.git log

23. git mv 

gitignore

git reset