《学习小组Day6笔记--Hocchan_7》

（以下内容引用自‘生信星球’）

学习内容：

了解数据类型和数据读取

数据类型

• 向量（vector）
• 矩阵（Matrix）
• 数组（Array）
• 数据框（Data frame）
• List

向量

1. 多个元素组成的变量。
   元素指的是数字或者字符串

x<-c(1,2,3) #常用的向量定义写法，意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量。
x<-(1:10) #从1-10之间所有的整数
x<-seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数（注意这里是逗号不是分号）
x<-rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次

2. 从向量中提取元素
   （1）根据元素位置

#这里的x是你刚才赋值的变量名，根据自己的情况来修改
x[4] #x第4个元素
x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素
x[2:4]#第2到4个元素
x[-(2:4)]#除了……
x[c(1,5)] #第1个和第5个元素

（2）根据值的大小

x[x==10]#等于10的元素
x[x<0]
x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素

数据框

将示例数据放在你的RData文件夹下（重要!!）
1）新建xxx.txt，输入以下
X1,X2
A,1
B,
C,
D,3
E,
用以下命令即可获得示例数据框：
X<-read.csv('xxx.txt')

不知道为什么和win的不同求解

自行解答 原来是txt文档的问题

用了doudou.txt就解决了

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数据读取

1. 读取本地数据
   xxx.txt在示例数据里有，记得一定要放在工作目录RData里，否则报错。

read.table(file = "xxx.txt",sep = "\t",header =T) 
#读取文件，分隔符为Tab，有表头 
a<-read.table(file = "xxx.txt",sep = "\t",header =T)
#把这个数据框赋给一个变量a 

2.设置行名和列名

X<-read.csv('xxx.txt')
 #在示例数据里有xxx.txt 注意这里的变量X是一个数据框
colnames(X) #查看列名
rownames(X) #查看行名,默认值的行名就是行号，1.2.3.4...
colnames(X)[1]<-"bioplanet"
#有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x,用这个命令来修改
X<-read.csv(file = "xxx.txt",sep = "\t",header =T,row.names=1)
#最后row.names的意思是修改第一列为行名

撤销
用刚才的read.table命令重新赋值

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3. 数据框的导出

write.table(X,file = "dao.txt",sep = ",",quote=F)
#分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认格式带由双引号） 

4. 变量的保存与重新加载

#这次没有处理完的数据下次想接着用怎么办?
#--学会保存和重新加载。保存的格式是RData。
save.image(file="bioinfoplanet.RData")
#保存当前所有变量
save(frame1,file="frame1.RData")#保存其中一个变量
load("frame1.RData")#再次使用RData时的加载命令

5.提取元素
(X是指用过的一个变量名，实际应用要懂得替换.)

- X[x,y]#第x行第y列
- X[x,]#第x行
- X[,y]#第y列（横着写，这是不够懒也不够优秀却能存在的写法）
- X[y] #第y列（竖着写，这是懒惰又优秀的写法）
- X[a:b]#第a列到第b列
- X[c(a,b)]#第a列和第b列
- X$列名
#也可以提取列(
#这个命令不用写括号，并且支持Tab自动补全,不过只能提取一列）

6. 直接使用数据框中的变量
   提取某两列作散点图：
   (这里的case和values是两个单纯的列名，没别的意思）

c <-data.frame(case=paste("S",c(1:50)),values=runif(50))
plot(c$case,c$values)

这种方法有个缺点：
数据框名a在代码中重复出现

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数据框名不重复出现

1. attach
   将数据框名添加到搜索环境中：attach（c）,作图时就只需输入列名(连$都不用)

attach(c)
plot(case,values)

做完后将a删除出,搜索环境 detach(c)
局限性：两个以上数据框的列名有冲突时，同时attach会报错。

2. with

with(c,{
+ plot(case,values)
x<<-summary(values)#求和并赋值给x,<<的意思是作为全局变量，y也就是出了with循环仍有效。
})
x #运行完后打印x

将上面的代码复制（手打更好）到一个新的R脚本中，然后保存到工作目录下。脚本文件的后缀就是R，在R语言里还是很在意后缀的。