gatk-4.1.9.0/gatk VariantFiltrat

15:55:13.094 WARN JexlEngine - ![0,14]: 'ReadPosRankSum < -8.0;' undefined variable ReadPosRankSum

15:55:13.094 WARN  JexlEngine - ![0,9]: 'MQRankSum < -12.5;' undefined variable MQRankSum

15:55:13.094 WARN  JexlEngine - ![0,14]: 'ReadPosRankSum < -8.0;' undefined variable ReadPosRankSum

15:55:13.094 WARN  JexlEngine - ![0,9]: 'MQRankSum < -12.5;' undefined variable MQRankSum

你的vcf文件中，有的行INFO那一列没有“MQRankSum” or "ReadPosRankSum"信息，所以才会出现这样的警告，

可以用“grep -v MQRankSum your_vcf”查找出来，这不是运行错误，可以不管继续进行后续分析；

若想要去除这个警告可以这样做

/home/software/gatk-4.1.9.0/gatk VariantFiltration --variant GenotypeGVCFs_SNP.vcf.gz --output GenotypeGVCFs_filter_SNP.vcf.gz -R /home/definegene/test/yelvti/call_snp/00.data/ref.fa -filter "(vc.hasAttribute('QD')&&QD<2.0)||MQ<40.0||(vc.hasAttribute('ReadPosRankSum')&&ReadPosRankSum<-8.0)||(vc.hasAttribute('MQRankSum')&&MQRankSum<-12.5)" --filter-name filter

/home/software/gatk-4.1.9.0/gatk VariantFiltration --variant GenotypeGVCFs_SNP.vcf.gz --output GenotypeGVCFs_filter_SNP.vcf.gz -filter "QD<2.0" --filter-name QD  -filter "MQ<40.0" --filter-name MQ  -filter "FS>60.0" --filter-name FS -filter "SOR>4.0" --filter-name SOR -filter "(vc.hasAttribute('MQRankSum')&&MQRankSum < -12.5)" --filter-name MQRankSum -filter "QUAL<30.0" --filter-name QUAL -filter "(vc.hasAttribute('ReadPosRankSum')&&ReadPosRankSum < -8.0)" --filter-name ReadPosRankSum