使用工具GATK4。
GATK基础
RNA-seq分析
GATK官方RNA-seq calling流程
WT 3个单株，混池。三个技术重复。
NS (实验组) 3个单株，混池。三个技术重复。
3个数量有点少，就暂且练习BSR吧。
小麦的BSR
BSR和BSA的比对方式不一致。
基于DNA水平的重测序，可以测到所有的碱基变化情况，需要整个基因组比对。
基于RNA表达水平的BSR,更多的是转录本的比对。相对而言，BSR的测序价格相对较低。
下机数据：
1.质控
2.比对（目前推荐的RNA比对工具是HISAT2和STAR）
HISAT2的使用，在我的RNA-seq栏中有详细信息。此处使用STAR进行比对（STAR也被推荐用于RNA-seq call snp的比对）。
STAR的最新版下载安装
下载安装，配置环境变量。
STAR
2.1构建基因组索引文件。（无论是hisat2还是STAR此步骤超慢）
参考2-pass-mode
参考
STAR 参数介绍：
--runThreadN 6 使用线程数
--outSAMtype BAM SortedByCoordinate 将结果SAM文件排序并生成BAM，使用的软件和samtools效果类似
--genomeDir ./starhuman150 上面建立的index目录
--readFilesIn AA_R1_trimmed.fastq AA_R2_trimmed.fastq 要输入的测序数据
--outFileNamePrefix AA 可以自定义生成文件的前缀
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