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基因注释--Genesymbol转化为EntrezID

基因注释--Genesymbol转化为EntrezID

作者: 淡水鱼Ada | 来源:发表于2020-03-18 20:17 被阅读0次

    基因的命名有很多种,常见的有GeneSymbol、ENSEMBLID、EntrezID等,为了在不同的基因命名方式之间快速转换,使用OrgDb。


    image.png
    library(org.Hs.eg.db)
    hs <- org.Hs.eg.db
    my.symbols <- c("ANKRD62P1-PARP4P3")
    select(hs, 
           keys = my.symbols,
           columns = c("ENTREZID", "SYMBOL"),
           keytype = "SYMBOL")
    #              SYMBOL ENTREZID
    # 1 ANKRD62P1-PARP4P3    23783
    

    参考:https://www.biostars.org/p/255657/

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