所谓巫蛊，是一种巫术，汉武帝之时，人们以为用巫师祠祭，或用桐木偶人埋在地下，诅咒他人，就会应验。
武帝朝之时，巫蛊流行，大量的巫师聚集长安，以旁门左道的幻术迷幻众人，陈皇后被废即因为行巫蛊之术，致被杀者三百多人。
晚年的汉武帝多病，一度怀疑是有人在行巫蛊来诅咒自己，派江充彻查巫蛊，为此，导致了自己精心培养多年的接班人太子刘据起兵于长安，最后自杀而亡。
卫子夫生刘据，立为太子
早年的汉武帝第一任皇后因为一直没有生下皇子而被废。已而卫子夫被册立为皇后，并生下了皇子刘据。
所谓母以子贵，在宠爱卫子夫的同时，刘据在十岁的时候被立为皇太子。汉武帝二十九的时候才有了太子继承人，大喜过望之下，甚至立求子之神位，并让东方朔和枚皋作祝辞。
及至刘彻稍微长大，汉武帝又命其学习《公羊春秋》和《谷梁传》。
等到刘彻成年之后，汉武帝为他建了博望苑，取其广博观望之意，并允许太子按着自己的喜好广纳宾客，也因此，很多异端九流之人出入于博望苑中。
此时的卫子夫不再年轻，失去了汉武帝的宠幸，然而太子的地位却未有动摇，在汉武帝的心中，太子刘据就是自己未来的接班人。
巫蛊祸起，江充构陷太子
武帝朝之时，一些民间的女巫来到后宫之中，教导后宫之妃躲避灾祸、获得宠幸的巫术。后宫之人争风吃醋之下，大埋木头人诅咒对方，并相互告发对方，说对方诅咒汉武帝。
晚年多病的汉武帝大怒之下，将行巫蛊之术的人和一批受牵连的大臣全部诛杀，并开始疑心自己的身体不好，是否与有人用巫蛊诅咒有关。江充迎合着汉武帝的怀疑心理，被派去彻查巫蛊之人，一时间民间相互告发指责，官吏间也互相弹劾，导致从京师长安、三辅地区到各郡、国，因巫蛊而死的先后有数万人。
江充曾抓住了汉武帝疑虑的心理，说宫中有蛊气，进入宫中到处挖地搜查木头人，甚至打坏汉武帝的皇座，在下面刨木头人。
江充曾经参劾过太子，与太子和卫氏之人有过节，担心汉武帝驾崩之后，太子刘据登基后会杀掉自己，便刻意构陷太子刘据。在太子宫中大挖特挖，并对汉武帝说在太子宫中挖出了大量的桐木人。
扶苏之鉴，太子起兵
当时的汉武帝在长安外的甘泉宫避暑，只有太子和卫子夫在皇宫之中，太子见江充如此构陷自己，召来少傅石德询问对策。
石德怕因为自己是太子的老师而被杀，劝太子说这种事你辩解也是说不明白的，不若矫诏抓捕江充，瞒住皇后，治江充的奸诈之罪。
又何况，汉武帝的身体一天不如一天，而奸臣却如此嚣张，难道忘了当年秦始皇身死，赵高诈杀太子扶苏之事了么？
刘据本想着去甘泉宫找汉武帝请罪，奈何江充却步步紧逼不放，事情紧急之下，听从了石德的建议。
太子当即便派自己的门客假冒皇帝诏书，去抓捕江充一伙儿人，韩说怀疑诏书的真假，被当场格杀，御史章赣受伤后逃了出来，去往甘泉宫。
此时，刘据派手下之人持节夜入未央宫，将所有发生的事情都告诉了自己的母亲卫子夫。又调发皇后车马运载射手，打开武库，分发库存兵器，并调动长乐宫的卫兵，告长安百官说江充谋反。
江充被斩，又于林中烧死了其手下一个作巫蛊的胡人。刘彻将自己手下的宾客们分别任命为将帅，巡视长安城。
汉武帝此时还是相信自己的儿子，认为太子只是害怕了，因为痛恨江充，才做出这样的事情，便派使者去长安召刘据前来甘泉宫。结果使者害怕，没进长安城，就回报说太子造反，要杀掉自己。汉武帝因而大怒，令丞相刘屈氂封锁长安城，捕杀叛逆者。
太子所部兵马和丞相兵马大战于长安城内，血流成河，因为百姓都听说是太子造反，众力不附，以致太子兵败，出逃长安城。
汉武帝反悔，作思子宫
长安一战，太子兵败出逃，而皇后卫子夫也选择自杀，逃至湖县的太子行踪泄露，被人追捕到，眼看着无法逃跑，便回到屋里自缢身亡，连同自己的两个孩子，也一同遇害。
随着时间的推移，当初坐巫蛊之祸的事情被发现多有不实，汉武帝也感慨，当初太子只是被江充逼得，并不是要真的造反。
车千秋为太子伸冤，汉武帝提拔其为丞相，并族灭江充全家，与江充一伙的苏文被烧死在渭桥之上，当初追捕太子的人，先是为北地太守，此后被族灭。
汉武帝愈发觉得太子无辜，于是建造了一座“思子宫”，并于湖边筑归来望思之台，愿太子之魂归来，天下闻而无不悲之。
巫蛊之祸导致的长安一战后，汉武帝悉心培养的接班人送了性命，汉武帝死后，幼子刘弗陵登基为帝，结果刘弗陵死后无嗣，最终，太子刘据的孙子刘询登帝位，为汉宣帝，皇位，再次回到了太子刘据的后人手中……
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