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【生物信息】Smith-Waterman 局部优化比对算法编程实

【生物信息】Smith-Waterman 局部优化比对算法编程实

作者: 上弦同学 | 来源:发表于2019-02-20 15:24 被阅读0次

    Smith-Waterman

    生物信息 Smith-Waterman 局部优化比对算法编程实现

    基本思想

    由于全局最优比对有时会淹没局部相似性
    Smith-Waterman 改进了 Needleman-Wunsch算法,提出序列局部比对算法

    改进的关键在于 : 不计较s序列前缀和后缀的得分

    通过修改得分矩阵初始化形式:
    不计前缀s[0,i]的得分 - 处理第一行(置0)
    不计删除后缀s[j+1,n]的得分 - 处理最后一行 (最后一行删除不计得分)

    算法过程

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    动态规划过程

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    软件截图

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    GitHub地址 : https://github.com/SummerChaser/Smith-Waterman

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