在已经弄好anacanda+pycharm的情况下
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$ conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit
(这是创建新环境)
或conda install -c rdkit -n base rdkit
(在已有的base下安装rdkit)
2.在pycharm中新建project 在 setting-Project Interpreter 中 add local
3.选择Existing environment 并勾选 Make availble to all projects 不勾就失败不知道为什么
4.加入 python.exe 的位置 我的是 C:\Anaconda3\envs\my-rdkit-env\python.exe
5.配置完成后(pycharm是真的慢 堪比matlab)import rdkit 出现
ImportError: DLL load failed: 找不到指定的模块
6.几乎雪崩 查了我半天资料 最后改了下配置改成python3.5 就能用了 (之前是python3.6)
最后用以下代码
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
def depict_pic(smiles='c1ccccc1',mol_name='benzene',size=(300,300),kekulize=True,wedgeBonds=True):
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
#mol_name ='/home/liuwei/' + mol_name + '.jpg'
mol_name = mol_name + '.jpg'
Draw.MolToImageFile(mol,mol_name,size,kekulize,wedgeBonds)
depict_pic(mol_name = 'test')
(代码来自http://liuwei441005.blog.163.com/blog/static/135705811201132673715315/)
会在project之下生成一个test.jpg的苯环的图片
到这里终于装好了 然而我还是不知道为什么要这样
我当时想到tensorflow也只能在python3.5下运行抱着侥幸心理试了下结果成功了
哇搞了我半天 作业都不想写了 希望对挣扎在同一个坑里的人有帮助
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