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跳坑日记:RDKit+anaconda+pycharm+wind

跳坑日记:RDKit+anaconda+pycharm+wind

作者: 路滑鱼 | 来源:发表于2018-03-22 20:04 被阅读0次

在已经弄好anacanda+pycharm的情况下

  1. $ conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit(这是创建新环境)
    conda install -c rdkit -n base rdkit (在已有的base下安装rdkit)

2.在pycharm中新建project 在 setting-Project Interpreter 中 add local

3.选择Existing environment 并勾选 Make availble to all projects 不勾就失败不知道为什么

4.加入 python.exe 的位置 我的是 C:\Anaconda3\envs\my-rdkit-env\python.exe

5.配置完成后(pycharm是真的慢 堪比matlab)import rdkit 出现
ImportError: DLL load failed: 找不到指定的模块

6.几乎雪崩 查了我半天资料 最后改了下配置改成python3.5 就能用了 (之前是python3.6)

最后用以下代码

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw

def depict_pic(smiles='c1ccccc1',mol_name='benzene',size=(300,300),kekulize=True,wedgeBonds=True):
    mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
    #mol_name ='/home/liuwei/' +  mol_name + '.jpg'
    mol_name = mol_name + '.jpg'
    Draw.MolToImageFile(mol,mol_name,size,kekulize,wedgeBonds)

depict_pic(mol_name = 'test')

(代码来自http://liuwei441005.blog.163.com/blog/static/135705811201132673715315/
会在project之下生成一个test.jpg的苯环的图片

到这里终于装好了 然而我还是不知道为什么要这样
我当时想到tensorflow也只能在python3.5下运行抱着侥幸心理试了下结果成功了

哇搞了我半天 作业都不想写了 希望对挣扎在同一个坑里的人有帮助

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