泛基因组工具EUPAN环境配置

EUPAN主程序

所使用模块在配置文件里

EUPAN-lib文件目录：

安装链接：
Installation (sjtu.edu.cn)

配置~/.bashrc

测试：

一、质量检测

###质检：
 eupan qualSta  /public/home/fengting/demo/pan111/EUPAN/eupanExample/data  /public/home/fengting/demo/pan111/EUPAN/test

二、去接头

eupan trim -p 64 -t 4  /public/home/fengting/demo/pan111/EUPAN/eupanExample/data  /public/home/fengting/demo/pan111/EUPAN/test/02 /public/home/fengting/demo/pan111/EUPAN/tools/Trimmomatic-0.33

三、比对

###索引使用参考基因组，生成sam文件
eupan alignRead -f bwa -t 4 /public/home/fengting/demo/pan111/EUPAN/test/02/data /public/home/fengting/demo/pan111/EUPAN/test/03pan /public/home/fengting/demo/pan111/EUPAN/tools/bwa-0.7.10 /public/home/fengting/database/rice/ribenqing/IRGSP-1.0_genome.fasta

四、sam2bam

eupan sam2bam -t 4 /public/home/fengting/demo/pan111/EUPAN/test/03pan/data /public/home/fengting/demo/pan111/EUPAN/test/04bam /public/home/fengting/demo/pan111/EUPAN/tools/samtools-1.3

五、统计

##basic
eupan bamSta basic /public/home/fengting/demo/pan111/EUPAN/test/04bam/data /public/home/fengting/demo/pan111/EUPAN/test/05bamsta/basic /public/home/fengting/demo/pan111/EUPAN/tools/bamUtil_1.0.12/bamUtil
##cov
eupan bamSta cov /public/home/fengting/demo/pan111/EUPAN/test/04bam/data /public/home/fengting/demo/pan111/EUPAN/test/05bamsta/cov /public/home/fengting/demo/pan111/EUPAN/tools/qualimap_v0.8

六、组装

eupan assemble linearK /public/home/fengting/demo/pan111/EUPAN/test/02/data /public/home/fengting/demo/pan111/EUPAN/test/06ass/lin /public/home/fengting/demo/pan111/EUPAN/tools/SOAPdenovo2-src-r240

报错

换了个新版本试了，

git clone https://github.com/aquaskyline/SOAPdenovo2.git
cd SOAPdenovo2
make

报错 打开jobs-scripts，手动输代码

/public/home/fengting/demo/pan111/EUPAN/test/SOAPdenovo2/SOAPdenovo-63mer all -s 06/soap/data/sampleB/soap.config -o 06/soap/data/sampleB//K35 -K 35 -R -F -p 1 >06/soap/data/sampleB//soap.log 2>&1

gap填补，待验证

七、组装评估

quast 示例工具包没有，需要自己下载

eupan assemSta /public/home/fengting/demo/pan111/EUPAN/test/06/soap/data 07/ /public/home/fengting/demo/pan111/EUPAN/tools/quast-5.1.0rc1 /public/home/fengting/demo/pan111/EUPAN/eupanExample/ref/ref.fa

qast评估结果

八、未比对区域统计

eupan getUnalnCtg /public/home/fengting/demo/pan111/EUPAN/test/06/soap/data /public/home/fengting/demo/pan111/EUPAN/test/07/data 08

报错nucmer结果没有,只要把minimap文件改成nucmer就可 不知为啥没结果 111份pan代码

九、rmRedundant

eupan rmRedundant cdhitCluster /public/home/fengting/demo/pan111/EUPAN/test/06/soap/data/ 09/  /public/home/fengting/demo/pan111/EUPAN/tools/cd-hit-v4.6-2012-04-25

还是没有结果

10PtoG

获取基因最长转录本

eupan pTpG /public/home/fengting/demo/pan111/EUPAN/eupanExample/ref/ref.gtf 10

11

运行不下去了