服务器的搭建

实验室买了一个服务器用来做生物信息学，作为一个计算机小白（虽然自己做生物信息学，但是没有维护和搭建过物理服务器），此文章或系列文章用来记录自己的搭建过程。

服务器基本配置：
处理器：Xeon 6240 （18C,150W,2.6Hz） X 4 ，每个CPU为18核心数，36线程。
内存：1024G DDR4。
硬盘：1.2T X 5，安装系统时做了一个RAID5。

操作系统：
CentOS 7

本来自己比较熟悉Ubuntu20.04，上网查找以后说是CentOS用作服务器的操作系统比较稳定，所以当时服务器的厂家过来调试的时候，要求硬件供应商给安装了CentOS 7 server (界面版本，可以用界面操作）。

## 在Terminal里可以查看操作系统的版本。

cat /etc/centos-release

## 结果
CentOS Linux release 7.6.1810

设置远程登录
因为是小白，一开始不知道怎么才能设置远程ssh登录。网络是学校的校园网（网线连接），没有分配固定IP。

在服务器的terminal里运行下面的命令：

# 安装ssh需要的软件
yum -y install openssh-server openssh-clients

我的终端是Macbook Pro 和 Windows10， MacBook就不用说了可以直接在Terminal里ssh。Windows10上我用VirtualBox安装了Ubuntu20.04。 Ubuntu里也需要安装 opnessh。

sudo apt install openssh-server openssh-clients

完成以后在服务器的Terminal里查看IP地址 ifconfig，然后就可以从你的终端ssh到你的服务器上了。

ifconfig

ssh username@IP address
password:

因为不是固定IP，所以不知道重启服务器后IP地址变了以后是否还需要重新查看新的IP地址，反正服务器暂时一直开着，所以这个问题以后再解答。而且此远程登录必须使用校园网，回家用外网是不能登录的。我以前在中科院时用的是openvpn先连接到内网然后在连接到服务器，现在还不知道怎么设置，所以以后再研究一下，反正现在在实验室里能成功远程登录到服务器上了。

CentOS查看硬件信息大全

1.查看 CPU

more /proc/cpuinfo | grep "model name"

model name  : Intel(R) Xeon(R) Gold 6240 CPU @ 2.60GHz

2.查看内存

free -m

查看硬盘和分区

df -h

相关软件的安装

在用户状态下 yum 安装因为没有权限会被拒绝。在Root权限下，yum安装后所有用户都可以使用。

# 安装htop
yum -y install epel-release
yum -y update
yum -y install htop

安装 conda

miniconda可以安装到各个用户下面。

basMiniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh

我从清华大学开源软件镜像站下载的miniconda，Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh。

TUNA 还提供了 Anaconda 仓库与第三方源（conda-forge、msys2、pytorch等，查看完整列表）的镜像，各系统都可以通过修改用户目录下的 .condarc 文件。

channels:
  - defaults
show_channel_urls: true
channel_alias: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda
default_channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels:
  conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud

qu

然后就可以创建分析数据的环境了，环境名字是WGS。

#创建名字为WGS的环境
conda create -n WGS
#激活环境
conda activate  WGS
#安装所需要的分析软件
conda install -c bioconda bwa
conda install -c bioconda samtools

#
samtools: error while loading shared libraries: libtinfow.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory
问题的解决办法是使用conda-forge库去安装ncurses。
conda install -c conda-forge ncurses