更新日期：2018/3/13
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目录：
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生信分析
- 该如何自学入门生物信息学
- 数据下载
- 预处理
- 常见组学分析
- RNA-seq数据分析指南
- TCGA专用转录组流程代码大放送
- 使用在线最新的KEGG数据做富集分析
- GSEA的分析汇总
- RNA-seq这样画图，国自然必得A
- ggtree for microbiome data
- 用NGSCheckMate检查两个测序数据是否来自于同一个样本
- 转录组高级分析合集
- 关于multiple mapping我想说的
- CS8：Genomic coordination的富集性分析（2）
- CS9: GEO数据挖掘
- 【PANDA姐的转录组入门】拟南芥实战项目-定量、差异表达、功能分析
- 拟南芥的差异分析结果注释
- 基因表达差异筛选中的P值校正
- GATK4.0和全基因组数据分析实践（上）
- 神技能！批量解决哪个转录因子调控你的基因。
- 一文读懂泛基因组测序
- Bioconductor的DNA甲基化芯片分析流程
- 850K甲基化芯片数据的分析
- 转录组专题-WGCNA分析
- WGCNA新手入门笔记1（含代码和数据）
- WGCNA新手入门笔记2（含代码和数据)
- 甜过初恋！这次是真的批量做TCGA的生存分析
- 伸出我的小脚，将TCGA轻轻绊倒，然后叉腰哈哈笑
- 下载TCGA所有癌症的maf文件计算TMB
- 一文读懂3D基因组之Hi-C及其数据处理
- 使用STAR-fusion来对转录组数据找融合基因
- 用deFuse来对转录组数据找融合基因
- 用LeafCutter探索转录组数据的可变剪切
- 转录组定量可以用替换featureCounts代替HTSeq-count
- Bioconductor包chimeraviz嵌合RNA可视化
- ChIP-seq阴阳-正负对照
- lncRNA数据分析传送门
- lncRNA实战项目-第二步-了解文章及数据
- lncRNA实战项目-第三步-了解参考基因组及注释文件
- lncRNA实战项目-第四步-得到表达矩阵的流程
- lncRNA实战项目-第五步-差异表达的mRNA和lncRNA
- lncRNA实战项目-第六步-WGCNA相关性分析
- 参考基因组没有，经费也没那么多，怎么办？
- 宏基因组学入门四部曲之初识
- 宏基因组学入门四部曲之向前一步
- 宏基因组学入门四部曲之《Assembling the microbial dark matter》阅读笔记
- 单细胞测序
- 软件与（命令行）工具
- GOSemSim：GO语义相似性度量
- 一个要复活的R包和一个404的网站
- 生信工作者的工具包
- linux命令行文本操作一文就够
- bioSyntax:针对生物数据的语法高亮
- csvtk - 跨平台、高效、实用的CSV/TSV命令行工具
- Make Enriched Heatmaps
- RNAseq reads 分别在3'UTR，CDS以及5'UTR区域的分布plotprofile——R包Guitar
- HiGlass (http://higlass.io) is an exploratory visualization tool for genomic data
- 学IGV必看的初级教程
- 可能是个生物信息学数据超市吧
- 长序列注释工具:Long Read Annotation (LoReAn)
- 专门分析10x genomic公司的单细胞转录组数据的软件套件
- List of RNA-Seq bioinformatics tools - Wikipedia
- 可视化生信分析利器-Galaxy
- GeenMedical2.0：‘‘引用次数’’排序，我做到了！
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资源数据库
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数据可视化
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R技巧学习与探索
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可视化结果
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网友评论
芯片数据做还是测序数据的读段做看自己了。也可以下载TCGA的maf突变文件，这是已经整理好的突变数据。