R package：metID(六)：代谢物的鉴定

metid包来源于MetDNA中用于二级谱图匹配的算法，并进行了优化，又新加了能够用于in-house代谢物库构建的功能。

metid包的安装

metid是tidymass包一部分。包的作者是斯坦福大学博士后申小涛。
由于从gitbub多次安装失败，所以请教了申小涛博士，以下是他给我的命令。

source("https://www.tidymass.org/tidymass-packages/install_tidymass.txt")
library(tidyverse)
install_tidymass(from = "tidymass.org",which_package = "metid")

最后一行命令运行失败的话，再次运行。

remotes::install_gitlab("tidymass/metid", dependencies = TRUE)

将xcms包导出的一级质谱信息和对应的二级质谱，以及要检索的数据库放到同一个文件夹下。

一级质谱信息.png

导入数据库

library(metid)
library(tidyverse)
#print(data(package='metid'))
load("hmdb_database0.0.3.rda")

代谢物鉴定

annotate_result3 <- 
  identify_metabolites(ms1.data = "feature2.csv", 
                       ms2.data = "merged.mgf", 
                       ms2.match.tol = 0.5, 
                       ce = "all",
                       ms1.match.ppm = 15, 
                       rt.match.tol = 30, 
                       polarity = "positive", 
                       column = "rp", 
                       candidate.num = 3,
                       database = hmdb_database0.0.3, 
                       threads = 3)
annotate_result3
which_has_identification(annotate_result3) %>% head()
which_has_identification(annotate_result3) %>% nrow()
ms2.plot1 <- ms2plot(object = annotate_result3,
                     database = hmdb_database0.0.3,
                     which.peak = "CP00243")
ms2.plot1

CP24270;0.8169277;RPLC_38;(M+H)+.png

保存结果

ms2plot(
  object = annotate_result3,
  database = hmdb_database0.0.3,
  which.peak = "all",
  #path = file.path(path, "inhouse"), 
  threads = 3
)

参考资料：
Install metid • metid (tidymass.github.io)
Database provided for metid • metid (tidymass.github.io)