MAFFT

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https://www.jianshu.com/p/4c7c86d80487
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进行多序列比对并且对齐

官网：https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/

0. 文章

https://academic.oup.com/mbe/article/30/4/772/1073398

image.png

1. 输入

输入是一个fasta文件，里面包含的所有序列都会被做同一次比对

2. 输出

输出也是一个fasta文件，序列条数和输入相同，里面的每条序列都被对齐，其中相对于其他序列不同的部分会被-补齐

3. 比对方法

mafft --maxiterate 1000 --localpair --quiet --thread -1 input.fasta > output.fasta

• 1. --quiet : 不报告处理过程
• 2. --thread : 线程数

根据需要比对的序列的不同选择不同的比对方法

4. 示例一

查看输入

(RStudio-5) zhiyong@zhiyong-OptiPlex-7050:~/Desktop/ZZZZZZZZZZZ/kk$ cat kk.fasta 
>Dmel-18w
MPATSSIITAAIIAVAACLLLLVADAHAQQQCNWQYGLTTMDIRCSVRYALESGTGTPLDLQVAEAAGRLDLQCSQELLHASE

>Dsim-18w
MTKMPATSSIITIIAVAACLLLLVADAHAQQQCNWQYGGFHTLTTMDIRCSVRALESGTGSPLDLQVAEAAGRLDLQCSQELLH

>Dyak-18w
MPATSSINNIIIAVAACLLLLVADAHAQQQCNWQYGLTTMDIRCSVFRALESGSGSPLDLQVAEAAGRLELQCSQELLHASLCA

进行比对

(RStudio-5) zhiyong@zhiyong-OptiPlex-7050:~/Desktop/ZZZZZZZZZZZ/kk$ mafft --maxiterate 1000 --localpair --quiet kk.fasta > alignment.fasta

查看输出

(RStudio-5) zhiyong@zhiyong-OptiPlex-7050:~/Desktop/ZZZZZZZZZZZ/kk$ cat alignment.fasta 
>Dmel-18w
---MPATSSIITAAIIAVAACLLLLVADAHAQQQCNWQYG----LTTMDIRCSVRYALES
GTGTPLDLQVAEAAGRLDLQCSQELLHAS--E
>Dsim-18w
MTKMPATSSIIT--IIAVAACLLLLVADAHAQQQCNWQYGGFHTLTTMDIRCSV-RALES
GTGSPLDLQVAEAAGRLDLQCSQELLH-----
>Dyak-18w
---MPATSSINN-IIIAVAACLLLLVADAHAQQQCNWQYG----LTTMDIRCSVFRALES
GSGSPLDLQVAEAAGRLELQCSQELLHASLCA