1.报错
在安装Seurat会出现如下核心报错:
configure: error: geos-config not found or not executable.
2.原因
尝试手动下载解压安装rgeos、从Github上安装Seurat、修改镜像,都不解决问题,因为着根本不是下载的错误。
因为Seurat依赖SeuratObject,SeuratObject又依赖rgeos,集群没有配置没有rgeos的环境,所以报错。
3.解决
1.对于root或有sudo权限的用户:
sudo yum install geos geos-devel
具体可以参考一下:https://www.coder.work/article/7041323
不过亲测geos-devel似乎没有也行
2.对于没有sudo权限小苦逼,有两个选择:
a, 建议使用conda配置R,然后在conda环境下安装就好。(圈起来,最推荐)
conda install -c conda-forge r-rgeos
这是anacoda官方的rgeos下载方式:https://anaconda.org/conda-forge/r-rgeos
b, 直接去官网下载对应版本的源码,解压编译,配置到环境。
#以最新的版本举例:
wget http://download.osgeo.org/geos/geos-3.9.3.tar.bz2 #下载
tar -xvf geos-3.9.3.tar.gz #解压
cd ./geos-3.9.3 #到包路径下
./configure --prefix=/opt/geos-3.9.3 #生成Makefile,/opt/geos3.9.3为定义的安装位置,如果你没有/opt/写的权限,记得换
make #编译
make install #编译安装软件(开发环境),目录是你自己选的
#然后把这里路径下的bin加入到你的.bashrc之中,source .bashrc
geos源码链接:http://download.osgeo.org/geos/
然后就可以在R里面试试install.packages('rgeos')
了。
最后,rgeos安装成功后,就可以愉快地安装SeuratObject和Seurat,开始单细胞分析啦~
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