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Linux集群下安装Seurat/SeuratObject/rg

Linux集群下安装Seurat/SeuratObject/rg

作者: 纷纷不可诉 | 来源:发表于2022-06-17 12:23 被阅读0次

    1.报错

    在安装Seurat会出现如下核心报错:

    configure: error: geos-config not found or not executable.
    

    2.原因

    尝试手动下载解压安装rgeos、从Github上安装Seurat、修改镜像,都不解决问题,因为着根本不是下载的错误。
    因为Seurat依赖SeuratObject,SeuratObject又依赖rgeos,集群没有配置没有rgeos的环境,所以报错。

    3.解决

    1.对于root或有sudo权限的用户:

    sudo yum install geos geos-devel
    

    具体可以参考一下:https://www.coder.work/article/7041323
    不过亲测geos-devel似乎没有也行

    2.对于没有sudo权限小苦逼,有两个选择:
    a, 建议使用conda配置R,然后在conda环境下安装就好。(圈起来,最推荐)

    conda install -c conda-forge r-rgeos
    

    这是anacoda官方的rgeos下载方式:https://anaconda.org/conda-forge/r-rgeos
    b, 直接去官网下载对应版本的源码,解压编译,配置到环境。

    #以最新的版本举例:
    wget http://download.osgeo.org/geos/geos-3.9.3.tar.bz2 #下载
    tar -xvf geos-3.9.3.tar.gz #解压
    cd ./geos-3.9.3 #到包路径下
    ./configure --prefix=/opt/geos-3.9.3 #生成Makefile,/opt/geos3.9.3为定义的安装位置,如果你没有/opt/写的权限,记得换
    make #编译
    make install  #编译安装软件(开发环境),目录是你自己选的
    #然后把这里路径下的bin加入到你的.bashrc之中,source .bashrc
    

    geos源码链接:http://download.osgeo.org/geos/
    然后就可以在R里面试试install.packages('rgeos')了。

    最后,rgeos安装成功后,就可以愉快地安装SeuratObject和Seurat,开始单细胞分析啦~

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