建库方式是 dUTP - second strand
以下是我的理解，不一定对，欢迎大家留言讨论
基因组测序结果存储在fasta文件里，方向是从左到右 是 5'到3’
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也就是上面那条序列，默认为是正义链
那如果基因在正义链上 如果序列是 ATGATCACT
那么转录出来的RNA序列是 AUGAUCACU
因为是以基因所在链的互补链为模板进行转录
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然后用这个mRNA序列去制作cDNA
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然后用这个cDNA第一链 加dUTP去制作第二链
用双链的cDNA去制作文库
然后再把带u碱基的第二链降解
用第一个链去测序
Since the sequencing primer binding site is located in the 5′-end adapter, all reads would start from the 5′-end of the first-strand cDNA
所以双端测序
第一个read 的序列信息就是 AGTGA
第二个read 的序列信息就是 ATGATC
所以将这两个reads比对到参考基因组 第一个read是反向匹配 reverse
第二个reads是正向匹配 forward
所以链特异性的文库类型是 rf
各个软件的参数设置 可以参考
https://rnabio.org/module-09-appendix/0009/12/01/StrandSettings/
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