1.立法目的
保密协议是保守商业秘密，维护正当的市场竞争秩序；竟业禁止协议与保密协议目的相同，但强调竞争性企业间的商业秘密的保护。
2.义务性质不同
竞业禁止义务是约定义务：以存在竞业禁止的约定为前提的，无约定则无义务。保密义务则是法定义务：保密义务来源于法律的规定，《反不正当竞争法》第10条就侵犯商业秘密的情形作出了相应的规定。
因此，不管劳动者与用人单位之间是否存在明示的保守商业秘密的约定，劳动者在离职以后均应承担商业秘密的保守义务。区别在于，若用人单位与劳动者之间存在保密约定的，应优先适用双方的约定，若双方不存在保密约定的，用人单位不能追究劳动者的违约责任，只能在劳动者侵犯商业秘密的范围内，通过侵权诉讼来追究劳动者违法保密义务的法律责任，其保护秘密的范围仅限于法定意义上的商业秘密，而不包括用人单位的其他秘密。
3.限制的行为不同
竞业禁止义务限制的是要求任职内不得兼职或离职后不得从业与竞争性企业。劳动者在离职后从事某种专业、服务或经营某类产品或服务的行为。在存在竞业禁止协议的情况下，劳动者离职后，既不能到与本单位存在竞争关系的生产或者经营同类产品、从事同类业务其他用人单位工作，也不能自己生产或者经营与本单位的产品、业务相同的产品和业务。
保密义务限制的是不允许泄密。劳动者离职后自己使用或向第三人泄露、披露其在本单位工作时获得的商业秘密或其他秘密，其并不限制劳动者从事竞争业务或到竞争企业工作的行为。保密义务相对于竞业禁止义务而言，其限制程度较弱，不像竞业禁止义务那样，限制劳动者利用在本单位获得的一切信息和劳动技能的机会和权利。
4.生效条件不同
竞业禁止协议是以用人单位向劳动者支付经济补偿金为生效条件的，否则，竞业禁止协议对劳动者不发生法律效力。因此，用人单位设定竞业禁止义务的同时，必须按照约定按月向劳动者支付相应的补偿金，以保障劳动者的正常生活。否则，该协议是无效的。
保密协议的生效并不以用人单位向劳动者支付经济补偿金为前提条件，保密协议一般自双方意思表示达成一致，双方签字或盖章即生效。
5.期限不同
竞业禁止义务的存在是有期限限制的，在职的竞业禁止期限是劳动关系的存续期间。劳动者离职后的竞业禁止期限，可以由用人单位和劳动者具体协商确定，但最长不得超过劳动合法法规定的两年期限。否则，就会过分限制劳动者的择业权利，损害劳动者的利益。
保密义务的存在是没有期限限制的，只要作为保密协议对象的商业秘密仍然存在，那么劳动者的保密义务就一直存在。保密协议视商业秘密情况而定。
6.追究法律责任的途径不同
竞业禁止发生的纠纷，受劳动争议仲裁前置程序的限制。如前所述竞业禁止的义务源于用人单位和劳动者在劳动合同或作为劳动合同附件的竞业禁止协议的约定，是劳动者和用人单位劳动权利、义务的一部分，因违反竞业禁止义务而发生的纠纷，属于劳动争议纠纷，应首先向劳动仲裁部门申请劳动仲裁，而不能直接向法院提起诉讼。
在劳动合同中存在保密义务约定的情况下，因违法保密义务发生纠纷的，用人单位可以行使选择权，既可以选择劳动仲裁追究劳动者的违约责任，也可以通过普通的民事诉讼，追究劳动者侵犯商业秘密的侵权责任。一方面，保密协议或保密条款，作为劳动合同的内容或附件，其本身就是劳动者和用人单位双方权利义务的一部分，应该部分劳动权利和义务发生的纠纷属于劳动纠纷，可以适用劳动仲裁程序。劳动和社会保障部劳社厅函【1999】69号文件也规定：劳动合同中约定了保守商业秘密事项的，劳动者未履行，用人单位申请劳动仲裁的，应当受理。另一方面，违反保密义务的行为，也是一种违反法定义务的行为，侵犯了用人单位的商业秘密权利，用人单位可以通过侵权诉讼追究劳动者的侵权责任。
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