linux环境下的软件安装

第一步

了解conda：linux的应用商店
miniconda-conda的精华版，主要负责生信领域

第二步 下载miniconda

a 谷歌搜索“miniconda 清华
b Miniconda 镜像使用帮助
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ 下载Miniconda 安装包
c 命令 uname -a查看服务器是多少位的
bio05@VM-0-10-ubuntu:~$ uname -a
Linux VM-0-10-ubuntu 4.15.0-54-generic #58-Ubuntu SMP Mon Jun 24 10:55:24 UTC 2019 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
d 复制服务器相应位数最新版链接
e 进入服务器
cd ~/biosoft到biosoft目录下
下载wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.8.3-Linux-x86_64.sh

第三步，安装和配置miniconda

a bash Miniconda3-py38_4.8.3-Linux-x86_64.sh开始安装过程
b 中间会出现很多的版权信息，按回车跳过它们
c 按照指令输入

1603627315(1).png
表示成功
d 激活
source ~/.bashrc
命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了
1603627498(1).png
如果报错，说明可能没有进行上一步的source ~/.bashrc命令
e 添加镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

第四步 使用conda

1. 查看当前服务器上安装的所有软件列表conda list
   2 搜索conda软件，如 conda search fastqc
2. 安装软件 conda install fastqc -y (-y是yes）
3. 卸载软件 conda remove fastqc -y

第五步 conda 环境

1 查看当前conda有哪些环境
conda info --envs
2 建立一个名叫rnaseq的conda环境conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic
3 再次查看conda环境
conda info --envs

带*的为默认的
4 激活新的conda环境
conda activate rna-seq
5退出当前环境运行conda deactivate