2020-10-25 学习小组Day3笔记--文惠

miniconda3的安装，有两种方式：

在进行前，输入uname -a查看linux系统版本

1. 复制miniconda3最新的链接，在putty中输入wget + 地址
2. 下载好安装包（sh格式），再拖入shell中，bash 安装包进行安装
   我以第二种方式安装下来，不需要激活（可以注意看安装后的日志文件，里面写了重启shell即可，不需要用source ~/.bashrc来激活软件）

Conda下载安装软件

以fastqc为例

1. conda list 可查看目前有的所有的软件
2. conda search fastqc 搜索fastqc软件
3. conda install fastqc -y下载安装软件
4. conda remove fastqc -y 删除软件
   如果出现无法搜索的情况，可能是conda环境没有配置好：
   conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
   conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
   conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
   conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
   conda config --set show_channel_urls yes
   全选复制粘贴回车

conda变量

查看conda变量 conda info --envs

当要处理转录组数据了，需要将软件下载安装好，并建立一个新的rnaseq的conda变量：
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y