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[编程练习]对重复的,不同行数的数据进行求均值-生信菜鸟驿站群友

[编程练习]对重复的,不同行数的数据进行求均值-生信菜鸟驿站群友

作者: 郑宝童 | 来源:发表于2018-11-13 10:25 被阅读40次

    在生信菜鸟驿站看到一个群友问了一个这样的问题:
    对重复的,不同行数的数据进行求均值,请问怎么批量处理啊,不知有做过的吗,谢谢!

    • 我给出的解决代码:
    geneidfactor <- factor(geneid)
        exp1.matrix <- apply(exp.matrix, 2, function(x) tapply(x, geneidfactor, 
            mean))
    
    • 一个群友给出了一个更加简洁的解决办法

    一个avereps函数搞定
    avereps

    #示例代码
    library(limma)
    x <- matrix(rnorm(8*3),8,3)
    colnames(x) <- c("S1","S2","S3")
    rownames(x) <- c("b","a","a","c","c","b","b","b")
    avereps(x)
    

    嘿嘿,条条大路通罗马,总有一条是路程是最近的。怒赞一枚,又从群友那里偷偷学了一个函数。

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