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[编程练习]对重复的,不同行数的数据进行求均值-生信菜鸟驿站群友

[编程练习]对重复的,不同行数的数据进行求均值-生信菜鸟驿站群友

作者: 郑宝童 | 来源:发表于2018-11-13 10:25 被阅读40次

在生信菜鸟驿站看到一个群友问了一个这样的问题:
对重复的,不同行数的数据进行求均值,请问怎么批量处理啊,不知有做过的吗,谢谢!

  • 我给出的解决代码:
geneidfactor <- factor(geneid)
    exp1.matrix <- apply(exp.matrix, 2, function(x) tapply(x, geneidfactor, 
        mean))
  • 一个群友给出了一个更加简洁的解决办法

一个avereps函数搞定
avereps

#示例代码
library(limma)
x <- matrix(rnorm(8*3),8,3)
colnames(x) <- c("S1","S2","S3")
rownames(x) <- c("b","a","a","c","c","b","b","b")
avereps(x)

嘿嘿,条条大路通罗马,总有一条是路程是最近的。怒赞一枚,又从群友那里偷偷学了一个函数。

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