理解下列语句
ls *.gz|while read id;do(fastqc $id -o 1_FastQC_Raw_Data -t 3);done
| 代码 | 意义 |
|---|---|
ls *.gz |
列出.gz后缀的文件 |
while do; done |
循环 |
read ID |
while后读取ID，可读取line，或者（放置进）各种变量 |
fastqc $id 1_FastQC_Raw_Data |
fastqc源文件 目的文件夹 |
-f |
指定输入文件的类型，支持多种格式,可省略 |
-o |
--outdir用来指定输出文件的所在目录，注意是不能自动新建目录的。 |
-t 3 |
--threads 选择程序运行的线程数 本次为3线程 |
-q |
--quiet 安静运行模式，一般不选这个选项的时候，程序会实时报告运行的状况 |
活学活用，寻找目录下所有md5文件并进行QC
find ../../chem/ -name "*.gz" -print| xargs ls |while read id;do(/mnt/hgfs/linuxshare/biosoft/FastQC/fastqc $id -o /mnt/hgfs/linuxshare/chem/qc -t 3);done
tips
- win挂载在mnt的共享文件，在linux中无法增加软连接（Operation not supported），解决办法需添加samba账户。虽然可以一劳永逸，但在本次处理中，通过find仍然可以实现子目录下多个相同类型文件的处理。
- find后是否能够直接使用|read id未测序，中间是否需要ls有待确认。
参考文献
ls命令详解https://blog.csdn.net/kingboyworld/article/details/78260183
ls命令详解2https://blog.csdn.net/qq_24336773/article/details/80503427
ln命令五例https://www.howtoforge.com/linux-ln-command/
ln-s Operation not supported问题https://blog.csdn.net/rich_baba/article/details/5515922
vmware ubuntu搭建samba用于和windows共享https://blog.csdn.net/lee244868149/article/details/80632112
while read 简介https://blog.51cto.com/zkxfoo/1750925
fastqc 参数https://www.plob.org/article/5987.html
fastqc 介绍https://www.jianshu.com/p/fe6af418a8bc
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