摘要关键词：转座子，两栖动物基因组学，箭毒蛙，基因水平转移1 引文2 结果2.1 基因组草图2.2 离子通道适应性进化2.3 重复元素含量2.4 基因水平转移2.5重复元素表达2.6 Piwi和piRNA途径基因2.7 剪接体元件3 讨论3.1 参考基因组组装3.2 离子通道进化和自适应性3.3 扩大的基因组3.4 重复元素和HT3.5 基因结构和剪接体组织的变化4 方法和材料（Materials and Methods）4.1 测序4.2 重复元件组装和注释4.3 基因水平转移4.4 转录组分析4.5 离子通道进化和自我适应性离子通道进化和自我适应性

草莓箭毒蛙

（注 ：reads，config ，scaffold 为专业名词，未翻译：图标内单词在括号内翻译）

摘要

我们测序了草莓箭毒蛙（Oophaga pumilio）的全基因，测序深度达127.5X.基因组大小大约为6.76Gb，其中的4.76Gb是高拷贝序列。这些重复序列包括DNA转座子，RNA转座子和LTR逆转座子，至少包括0.4Gb到1,0Gb的Mariner/Tc1 或 Gypsy 元件。实验数据表明，与非洲爪蟾的卵相比，箭毒蛙卵中Gypsy元件 和 Mariner/Tc1元件是高表达的。我们进一步观察实验可知这有可能是因为箭毒蛙与鱼的基因水平转移（HT)导致的。基因水平转移的基因元件呈现出高拷贝，高表达，且持续增值。我们的实验表明两栖动物基因组通常很大的一部分原因是可能是因为转座子重复转移。我们也发现箭毒蛙剪接体的变化，这有可能是因为箭毒蛙对转座子增值导致的内含子长度的变化。最后，我们识别了了第一个箭毒蛙基因组序列中离子通道的补体，并讨论了其与皮肤对毒素的适应性进化的关系。

关键词：转座子，两栖动物基因组学，箭毒蛙，基因水平转移

1 引文

草莓箭毒蛙（Oophaga pumilio，以前学名是Dendrobates pumilio）是不同寻常的生活史，毒性和变化多样的颜色。这种小型陆生青蛙生活在中美洲加勒比海沿岸的低海拔森林中，从尼加拉瓜到巴拿马都有分布。雌性箭毒蛙会把蝌蚪转移到凤梨科植物的叶脉中的水窝里或水池里，在那里这些蝌蚪将长成成体。草莓箭毒蛙有着几种在两栖动物中不同寻常的行为。箭毒蛙父母照顾子女，会运输蝌蚪到合适的水体里并喂养未受精卵（Weygoldt 1980）。雌性在繁殖期间对雄性的皮肤颜色有选择性（Summers等，1999；Yang 等人，2016）和雄性箭毒蛙具有强烈的领土意识（Yang et al.2016）。研究人员试图更好地了解父母照顾的来源是什么（Dulac等人，2014）和生殖隔离（Yang等人，2016），这些行为是令人感兴趣的。

除了这些行为特征，草莓箭毒蛙还是一种有毒的青蛙。这些毒性来自它们的食物中的生物碱毒素(Santos等，2016）。草莓箭毒蛙有着独特的警戒色，向来犯之敌宣示自己的毒性。这些毒素会破坏生物的离子通道功能，。捕食者会口舌麻痹且对神经有作用（Lander等，2001）。草莓箭毒蛙的毒性大小是取决于食物中的获取毒素的多少（Daly等，1994），其卵中也携带着毒素（Stynoski，Shelton等，2014 ; Stynoski，Torres-Mendoza等，2014）。箭毒蛙本身对这些毒素有免疫力，这可能是由于离子通道的几个氨基酸变化引起的（Tarvin等人。2016年，2017年）。箭毒蛙色彩斑斓，颜色变化多样，且箭毒蛙颜色是性选择特征之一（Summers等，1999，Yang等，2016）。理论上，箭毒蛙的警戒色应该是一样（Joron和Mallet 1998）。但实际上，箭毒蛙颜色还是多种多样的（Daly和Myers，1967）。这种多变的色彩遗传基础和它们携带的毒素机制在进化生物学上仍未被解决的。（Richards-Zawacki等人，2012，; Vestergaard等，2015）。

为了促进对箭毒蛙基因组学的研究，我们对其基因组进行了基因组测序和组装。两栖动物基因组通常会因为基因组太大而难以组装。可能是因为缺失率低的原因，蝾螈基因组大约为100 Gb大小http://www.genomesize.com/ ;访问时间为2018年1月）（Sun 等人.2012 ; Frahry 等人.2015）。低代谢率可能使一些两栖动物的细胞体积更大，导致对大核和大基因组的选择减少（Licht和Lowcock 1991）。

转座因子（TE）增殖是基因组扩大和使之组装复杂化的一个因素。TE是一种自私的遗传元件，即使以宿主健康为代价也会增殖。它们可破坏蛋白质序列，修饰基因表达模式，并导致异常表型（Chuong等人，2017）。它们还可以促进破坏典型染色体结构的异位重组（Montgomery等，1991）。插入基因区域的TE序列通常是中性或弱有害的（Lynch，2007）。且积极增殖TE元件会降低箭毒蛙的适应性。基因组有着阻遏物或者其他东西来控制TE含量大小（McLaughlin和Malik 2017）。TEs和其阻遏物的共同进化被认为遵循红皇后假说，其连续的军备竞赛会产生的短暂的转座子活动，然后随着细胞的进化沉默转座子以获得对TE表达的控制（McLaughlin和Malik 2017）

成功逃避的TE将迅速增殖，扩大基因组含量。已知某些类型的TE，尤其是Mariner元件在水平转移（HT）事件中分布在不同的分类群中（Schaack等人，2010）。通过基因水平转移TE元件的基因组会对TE活性特别敏感，因为它们没有进化出相应的防御（Schaack等人，2010）。在这些新的基因组中，TE可以增殖来扩大基因组含量。正如我们展示的那样，箭毒蛙的组装是由于广泛分布的TE元件而变得复杂。其中的许多似乎是最近通过HT才获得的。我们认为这个极端的基因组大小是由于TEs导致了。

2 结果

2.1 基因组草图

我们从总共127.5×覆盖度的Illumina序列数据进行组装，该数据使用250bp到20kb的插入组成的（表1）。预估基因组大小为6.76-9 Gb，最终的组装基因组大小约为5.5 Gbp。contigN50和scaffold N50分别为约385bb和72kb（表2）。随后使用TBLASTN将来自人和非洲爪蟾的同源蛋白定位到组装的基因组上，将比对好的序列过滤并传递至GeneWise来准确鉴定的剪接比对。

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（表一：用于组装草莓箭毒蛙参考基因组测序数据。Paired-End Libraries：双端文库；Insert Size (bp)：插入片段大小；Reads Length (bp)：读长；Total Size (G)：原始总测序数据大小；High-Quality Size：高质量测序数据大小；Sequence Coverage (X)：原始测序数据覆盖度；High-Quality Coverage (X)：高质量测序数据覆盖度；Solexa reads；Total：总大小）

（注:250、500、800 bp为短插入片段配对端文库，两端测序150 bp。其余库为长插入尺寸配对端库，两端测序长度为49 bp，用于构建scaffold)。

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（表2。有重复读和没有重复reads的基因组组装。All Data:所有数据；Repeats Masked：重复序列；Scaffold N50 ；Contig N50；Assembled genome：基因组组装）

我们用AUGUSTUS (Stank et al. 2003,2004,2006)进行从头开始基因预测，得到了20,058个基因序列。为了得到与神经毒性表型最相关的基因的注释，我们重新测序组装了一个幼年个体头部的转录组数据。在得到的11,984个组装的转录组序列中，11,303个转录组序列可以被映射到组装的箭毒蛙基因组。在箭毒蛙中，只找到了有5112个与非洲爪蟾一样的基因。共有3671个转录组数据可以映射到非洲爪蟾的同源预测，3594个转录组数据可以映射到从头组装预测。在基因组组装中，其中的许多序列都是不连续的。

试图确定一个可以用于未来的工作富含基因的基因组序列,我们删除重复的数据和重新组装基因组,但是结果没有改善(表2)。掩蔽TEs后，在组装中会出现碎片化基因序列，且没有改善,这意味着TEs是分散在整个基因组,而不是富集在一个基因“岛屿"上"。此外，重复掩蔽和长插入文库的基因装不能组装成整个基因，这表明内含子非常长，且充满了TEs。

我们将30x的测序序列映射到参考基因组，然后使用samtools来查找SNPs。箭毒蛙基因组组装的杂合度为H 为0.0016。假设突变率为10-^-9，箭毒蛙的种群大小大约为400 000只。（这将产生N e = 400,000 的估计值）。箭毒蛙的种群大小很大，且分布横跨中美洲，与这个高度一致杂合性。如果测序的个体是两个先前分离的二者同类群之间的杂交产物，这些数字也有可能会被夸大。但该结果粗略估计了箭毒蛙的有效种群大小。

2.2 离子通道适应性进化

我们对草莓箭毒蛙基因组的主要动机之一是确定其自身毒性抗性基因的遗传基础。尽管在这个新组装的基因组内许多基因是碎片化，未组装的，我们仍然组装好了了已知与毒素相互作用的两个基因家族的大多数序列。毒蛙积累了数百种由食物中获取衍生的生物碱，而这些生物碱是难闻的且有毒(Daly等人. 2005; Saporito等人. 2012;Santos 等人. 2016)。这些生物碱大多数作用于离子转运蛋白上(Daly and Spande 1986)。许多树栖动物已经被证明通过基因改造来抵抗自身毒素(Albuquerque 等人. 1973; Daly 等人. 1980; Tarvin 等人.2017; Wang andWang 2017）以及一些位点已被鉴定出来(Tarvin 等人.2016, 2017; Wang 等人. 2017)。然而，这些研究只针对一个基因或一些旁系同源基因。

由于箭毒蛙（神经）毒素通常靶向多种离子通道蛋白（Daly and Spande 1986; Santos 等人l. 2016),而在箭毒蛙中是自适应性的。电压依赖性钠离子通道蛋白（α亚基; SCNA）和烟碱乙酰胆碱受体蛋白（nACHR）即是两个箭毒蛙生物碱作用的基因家族（Saporito 等人. 2012; Santos等人. 2016)。因此，我们在组装的基因组数据和转录组数据中比对箭毒蛙与其他蛙科动物的SCNA及nACHR蛋白家族的差异。然后，我们使用系统发育方法从多基因角度深入探讨了草莓箭毒蛙的适应性进化。

尽管基因组组装的高度分散，我们仍能够找到适应性抗性基因。我们在箭毒蛙中找到了与已知蛙科动物6个SCNA基因的全部和18个nACHR中的17个（图1）。对于CHRNE基因，我们为箭毒蛙和海蟾蜍恢复了两种不同的直向同源物。SCNA家族的系统发育重建支持以前研究的结果，这表明该家族中六个蛙基因中的三个（SCNA1-3）是无尾目或两栖动物特异性基因扩增的，这与大多数羊膜动物不同(Zakon 等人. 2011, 2017).

然后，我们利用祖先序列重建方法来鉴定在箭毒蛙离子钠通道的自身毒性适应性抗性中起作用的氨基酸位点。我们搜索了两种（非排他性）类型的位点：（1）在箭毒蛙和海蟾蜍共同祖先分开后，那些三种或三种以上箭毒蛙基因发生氨基酸置换的位点（2）已被证实与箭毒蛙 (Tarvin 等人 2016)中存在的多种生物碱相互作用的S6跨膜片段内位点，在上述至少一个SCNA基因中发生了上述替换。我们的分析恢复了19个位点（图2）。其中11个属于S6区段，其中4个区域有基因发生多次变化。值得注意的是，在结构域DII的S6区段上的取代M783L在六个草莓箭毒蛙钠通道中的五个中平行发生，表明该位点在自身抗性方面具有适应性作用。这种变化也可能发生在第六个基因（SCNA2）上，但由于数据缺失，我们的推断是不准确的。其余8个位点均在内部或细胞外接头上（图2），这可能表明这些区域在自身抗性中的作用。其中两个位点在的S5 S6连接体上细胞外p 环具有特殊的意义。它们与箭毒蛙毒素(McGlothlin 等人. 2014)和河豚毒素(Geffeney等人. 2005; Jost 等人. 2008; Du等人. 2009; McGlothlin 等人. 2014)的抗性基因有关，这两种神经毒性生物碱分别存在于叶毒蛙属和一些彩胸毒蛙属中(Daly 等人. 1994, 2005; Tokuyama 等人. 1969).

（图1 所示。贝叶斯基因树的重建，用于nACHR (A)和SCNA (B)基因家族中箭毒蛙基因的注释，以及CHRNE基因的核苷酸序列。节点支撑和分支标记/着色如图2所示。）

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（图2所示：电压门控钠通道α亚基(SCNA)基因家族的贝叶斯基因树和氨基酸替代物可能与箭毒蛙(A)的毒素自身耐药性有关，它们的于电压门控钠通道示意见图上(B).支系是最接近非洲爪蟾的直系同源基因进行着色和标记,命名根据ENSEMBL数据库注释。节点间星号表示贝叶斯后验概率，aBayes支持0.95以上的值。由羊膜特异性基因家族扩展而来的支系被折叠以提高可视化。）

2.3 重复元素含量

尽管有广泛和高质量的测序数据，箭毒蛙基因组组装是碎片化的.我们还使用REPdenovo检查TE含量（Chu等人，2016）。这种最近开发的方法从原始读数中量化基因组重复元件，而不需要已知重复的参考组装或参考数据库。REPdenovo识别高拷贝数k-mers，然后将它们组装成高度相似的重复元素拷贝的一致的contigs。拷贝间序列差异小于1.5%的重复序列被折叠成一致序列，表示至少10个重复元素拷贝。我们鉴定了超过4.76 Gb的重复序列，其在箭毒蛙的基因组中具有低拷贝的差异。重复序列包括LTR反转录转座子，非LTR反转录转座子，DNA转座子，以及rRNA和tRNA。

我们观察到使用tblastx分类的1.0 Gypsy-like 元件，197 Mb Mariner和181 Mb Tc1元素（图3）。作为比较，我们使用相同的方法来识别人类基因组中的重复序列，找到那些被广泛认为是“重复的”序列。人类中类似鉴定的低分化重复序列的总重复含量总计为500 Mb，而在非洲爪蟾中我们鉴定了352 Mb的重复序列，远低于箭毒蛙的水平。用REPdenovo的方法只能识别年轻的，活跃增殖的重复。需要其他方法来识别在其他分类群中可能更常见的较加古老的，更加不同的重复序列。

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（图3所示。在RepBase数据库中使用tblastx对TEs的总序列内容进行分类。在低分化TE家族中，我们鉴定了草莓箭毒蛙中1 Gb的Gypsy元件、298Mb的Copia元件、255 Mb的hAT序列、197 Mb的Mariner元件和181Mb的Tc1元件。）

低分化重复中三个最丰富的TE家族包括58,354个拷贝（52Mb）的Gypsy元件，73,395个拷贝（52Mb）的Mariner元件和78,037个拷贝（86Mb ）的Tc1元件。由于对重复数没有限制，它们与RepBase数据库中的注释相匹配（Jurka等人，2005 ; Bao等人，2015）。我们注意到15个最常见的TE家族中有8个与淡水鱼中的重复序列具有非常接近的匹配（补充表S2，补充材料线上）。来自REPdenovo的具有最高拷贝数的组装重叠群在细胞中为9,507个拷贝。共有98个contigs在100份或以上，10个在1000份或以上。REPdenovo将重复为与~2％的差异折叠成一个contig。具有如此低分歧的高拷贝数表明近期和快速分化。如果TE以片段形式组装，则拷贝数可能略微扩大（[补充图S1]。单个家族中的Contigs在blastn中排列，序列相似性低至82％

为了确定将重复序列在参考基因组组装中组装整合程度，我们使用了RepeatScout来识别全基因组组装中的重复序列（Price等人，2005）。在所有类别的TE中，我们可以使用RepeatScout仅将34.3 Mb（代表90,892个元素）定位到参考组件fasta序列中（Price et al.2005）。因此，大多数重复未定位到参考序列，无法使用RepeatScout进行识别。该结果还显示，在拷贝中具有远大于2％的发散度的更高度分化的TE在该基因组中不常见或者在该组装中没有很好地整合。对于含有最近增殖的TE的高度重复的基因组，REPdenovo可能对重复含量的测定更有用。

2.4 基因水平转移

鉴于青蛙基因组中低分化TE的极端普遍性，我们想知道新TE的HT是否可以解释重复内容的某些部分。当系统发育不确定时，HT很难识别。一种方法是鉴定与已知近缘分类相比，比较远距离分类群更匹配的候选序列（Tian等人，2011）。我们使用非洲爪蟾作为紧密对齐的基准来识别这种可能水平转移的元件（TEs）。我们鉴定了TEs（不包括rRNA和tRNA），它们在RepBase重复序列数据库中，最与非洲爪蟾的系列匹配的或在非洲爪蟾中使用REPdenovo确定的接近序列数据。这些序列可能是来自其他生物的HT的候选者，但也可能是以某种方式从非洲爪蟾中丢失或未收入RepBase数据库的TE家族里。对于箭毒蛙来说，它具有许多拷贝数的TE家族，后一种解释不太可能。而这种鉴定HT候选物的方法的一个优点是它不受排列大量高重复序列的挑战的影响。

我们观察到17个TE家族。其中来自REPdenovo的TE contig在对RepBase数据库的BLASTn搜索中至少比与RepBase中已知的或使用REPdenovo识别的任何非洲爪蟾匹配的重复序列相似性高2%。这些方法将鉴定目前处于高拷贝数并且低分化度的任何HT重复，对最近发生的HT事件更有效（Loreto等人，2008）。如果没有拷贝数扩展或高度分歧的TE拷贝，他们将无法识别HT。因此，它们代表了一组最小的HT事件。在这17类中，我们确定了7个Mariner元件，7个Tc1元件，1个Gypsy元件和1个hAT。同时，虽然在RepBase中匹配的带有注释的元件并没有施加约束条件，但是这17个家族中的其中15个与来自鱼类基因组的序列匹配。一个与变色蜥中的转座子相匹配，可能说明来自物种的独立HT事件仍未被注释而不是从蜥蜴直接转移。所有这些比对都有80-97％的核苷酸同一性。假设单个转置事件随后是TE拷贝的垂直遗传和每百万年每个站点10-9个替换的保守突变率（Crawford 2003），这将对应于最大1亿到1,500万年的分歧时间。突变率高达10 -8每百万年每站点的替换将产生1000万至150万年的分歧。如果TE具有最小的垂直遗传，则转座期间的突变率可高达10 -4，这意味着差异短至1000个连续转座事件。鱼类与4.8亿年前的四足动物不同（Yamanoue等人，2006年））。如果转座子是从一个共同的祖先垂直遗传的话，那么TE的排列非常不可能。因此，这些候选者因为射线鳍鱼和两栖动物之间的分歧而成为HT的例子。在这些比较中代表了多种鱼类。从鱼到青蛙的HT比青蛙的多个HT病例更有可能生活在不同环境中的多种鱼类中。类似地，鱼和箭毒蛙之间在相对较近的HT中出现的重复序列差异小于5%。。我们注意到我们识别HT的方法并不全面，并且会遗漏所有不是由箭毒蛙和非洲爪蟾数据库序列相似性增加的HT 事件。因此，许多两栖动物内部的HT事件会被忽略。此外，沉默元件的单个HT事件只会导致给定重复的一个拷贝，并且不能使用这里给出的算法进行识别。因此，所呈现的数字是HT事件的最小估计。

此外，我们观察到另外56个TE家族与草莓箭毒蛙的contigs相似，而与非洲爪蟾没有相似的。在这56个中，6/7个Tc1家族，21/23个Mariner家族和5/21个其他元件被注释成来自淡水或海洋鱼类基因组的基因。这些都有75％或更高的核苷酸一致性。这些结果表明，草莓箭毒蛙及其祖先基因组进行了多种重复序列的水平转移，主要是从鱼类和两栖动物。尽管有许多不同类型的TE（DNA转座子，非LTR反转录转座子，LTR反转录转座子），但最常见的HT元件是Mariner和Tc1 元件。

在我们确定为HT的候选元件中，我们观察到许多元件有着高拷贝数。草莓箭毒蛙中的第一和第二最丰富的转座子即通过HT 获得的。这两个最高拷贝数TE家族是Tc1-3_SSa（78,037个拷贝）和Mariner-4_DR（73,395个拷贝）（补充表S2，在线补充材料）。

在候选的TE家族中，有7个拥有100多个独立组装的重复 contigs，其代表数千个独立副本。这表明由于持续的增殖，TE具有很丰富的多样性（补充表S2，在线补充材料）。这结果与TEs在新的基因组中逃避沉默是一样的。都是由于该基因组没有很好的针对重复序列的进化防御。当我们使用REPdenovo鉴定的Mariner-4_DR元件与用RepBase鉴定的Danio rerio（斑马鱼）元素比较序列一致性时，我们观察到有双峰分布，这表明有两轮HT增殖（图4）。第二个峰值的最大值大约为97％。基于这些转座子的紧密匹配关系，我们推断出至少有两次基因水平转移，从鱼类到青蛙的基因中。如果HT的轮次时间间隔不是很长的时间，则许多元件的不能区分出峰值，因此该元素和其他元素可能经历了超过数据中的显示的轮数（两轮）。

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（图4所示。用雷普诺沃法鉴定的重复重叠群核苷酸相似度的双峰分布与来自D. rerio的Mariner-4_DR序列比较。两种峰的存在与一种元素HT后鱼与蛙的两波增殖相一致。Danio和Oophaga分化为480MYA。核苷酸相似性的分布与来自同一祖先的垂直传播不一致。）

为了建立水平转移元件与草莓箭毒蛙中元件多样性之间的关系，我们为水平转移候选序列的子集生成了系统发育树。对于具有至少100个水平转移元件的重叠群的每个候选家族，我们选择与RepBase元件匹配的序列，这些序列具有至少90％的相似性和至少200bp的长度（对于最丰富的元件Mariner-4_DR，500bp）。然后，我们使用clustalw生成了比对，UPGMA以及邻接连接的系统发育树。对于每种情况，来自鱼类RepBase TE都在草莓箭毒蛙的TE的多样性内，而不是作为外群（图5 ;补充图 S2-S11，补充材料在线）。这一观察结果与鱼类和蛙类之间最近的TEs的HT值一致，并与箭毒蛙随后的增殖数据相一致。虽然可能由于RepBase注释偏差导致无法识别其他类别的某些TE，但在所有有100个或更多contigs的基因都是 Mariner或 Tc1转座子，


（图5所示。水平传播的重复元素箭毒蛙(黑色)与标注的TE Tc1-3_SSa(红色)之间的系统发育关系。在其他TE家族中也观察到类似的模式。对于HT候选的每一个最多样化的TEs, RepBase元素都位于草莓箭毒蛙中TEs的多样性内。所有这些多样性和快速增殖的水平转移元素都与淡水鱼的TE非常匹配）

2.5重复元素表达

来自活性转座子的新TE插入必须出现在生殖细胞中，以传递给后代。为了检查一些HT的转座子在草莓箭毒蛙的生殖细胞中是否有活性，我们分别收集了5个未受精的草莓箭毒蛙卵和非洲爪蟾卵，并测得其RNAseq数据。我们从头组装转录组，并使用Tophat / Cufflinks套件量化表达谱（Licht和Lowcock 1991；Frahry等人2015）（参见材料和方法）。我们估计了草莓箭毒蛙基因组中每个重复中TE的三个主要类别中每一个的RNA转录组总和（长度×FPKM）（图6））。我们观察到与非洲爪蟾相比，草莓箭毒蛙中Gypsy元件（t = 7.007; P  =  0.006393）和Mariner元件（t=  7.1938; P  =  0.005313）的表达差异显著。Tc1表达的差异不显着（t= 1.9123; P  = 0.2920）。这些结果与已在草莓箭毒蛙基因组中鉴定的转座子的丰度结果一致。对于不考虑序列长度的总表达量(FPKM)，结果在质量上是相似的(补充图S12，补充材料在线)。

我们鉴定了三种最丰富的HT转座子家族中每一种的FPKM> 100的高表达TE转录物，Gypsy-15_Ano，Mariner-4_DR和Tc1-3_SSa（补充表S3，在线补充材料）。尽管对RepBase中的TE匹配没有限制，但这些最近转移的元素与淡水和海洋鱼类的基因组中的元素都具有紧密匹配。Mariner-4_DR元件特别多样化，在草莓箭毒蛙中包含超过46,000份拷贝（表3，补充图S4，补充材料）线上）。为了检查最近转移的Mariner-4_DR元件是否比以前Mariner-4_DR元件表达量更高，我们测试了与斑马鱼中Mariner-4元件的相似性百分比。我们观察到表达水平和相似百分比之间的显着正相关（图7，F= 3.956; df = 5; P  = 0.002128）。表达最高的转座子与斑马鱼的元件至少92％或更高的相似性。这些结果可能表明，最近转移的Mariner-4_DR TEs更有可能高表达，然而，在基因组内选择作用维持活性元素的序列保守，只可能降低更活性元素的分化率。

（图6所示。在草莓箭毒蛙和非洲爪蟾中TE类的总表达量。Gypsy元件和Mariner元件在草莓箭毒蛙中表达水平明显较高，而Tc1元件则不显著。草莓箭毒蛙与非洲爪蟾相比，在生殖细胞中有很多Gypsy元件(t=7.007;P=0.006393)和Mariner元件(t=7.1938;P=0.005313）。）

表3。


（表3。最常见的水平传播TE家族。Family：家族；Species：物种；Number of Contigs：Contigs的数量；Mean Length (bp)：平均读长；Total Copy Number：全部拷贝数;Total Content (Mb）：全部大小；）

（Danio rerio (Zebrafish)：斑马鱼；Salmo salar (Atlantic Salmon)：大西洋鲑；Esox lucius (Northern pike)：白班狗鱼；Anolis carolenensis (Anole)：变色龙；Takifugu rubripes (pufferfish)：河豚）